金馬小三通自民國90年開通以來，旅客人數從3萬人次一路成長至去（106）年最高達到181萬人次，今（107）年上半年就已達91萬人次，較去年同期增加3萬6千人次，今年旅客人次可望再創新高。（金門縣政府觀光處提供）

　金馬小三通自民國90年開通以來，旅客人數從3萬人次一路成長至去（106）年最高達到181萬人次，今（107）年上半年就已達91萬人次，較去年同期增加3萬6千人次，今年旅客人次可望再創新高。
　根據交通部航港局表示，因應小三通每年旅客持續增加，近年來以提升服務品質、航行安全、航線優化三大構面為主軸，逐步落實推動小三通客運固定航線評鑑制度、汰換舊船、NSM管理制度及辦理提前通關等措施，以打造優質服務、安全及便利之運輸環境。3年來客船平均船齡亦由20年降至4年，成效顯著。
　航港局並指出，另為強化船舶安全管理，該局自106年8月10日宣布實施「國籍船舶安全營運與防止污染管理制度（NSM）」，金廈小三通航線客運業者均已投入認證，透過標準管理流程，有效健全業者的公司管理，降低航行風險，提升航行安全。
　又為便利馬祖旅客搭乘北竿黃岐小三通航線，減少旅客上下船及等候通關時間，經協調CIQS（海關、入出境、防檢疫）單位，已於106年9月開辦直接在南竿辦理入出境通關作業。