清初金門鎮總兵署移駐後浦東門，當時的水師官兵都信奉蘇府王爺，認為祂有禦寇、護航的功能，在後浦總兵署旁的觀德堂設殿奉祀，這也是清代內校場閱操廳的所在地，民國以後雖經商會改建，仍維持奉祀蘇王爺神像。
清廷平台後，在台的防務也都由金門鎮總兵署調撥發任。康熙二十七年，裁撥金門中左右三營水師，轉戍台灣、澎湖，改為左右二營。乾隆五十三年，台協水師左營由台南安平遷往鹿港，設游擊一員統屬，這是水師正式駐防鹿港的開始。乾隆五十四年，金門裁撤左右兩營各五十名戰守兵，撥戍台灣。直到嘉慶十九年，每營又各裁撥戰守兵二十四名，戍守於台灣的艋舺。因為金門水師的調防援台，使得駐防的艋舺、鹿港、安平等三地皆有「金門館」的形成。歷次的修護也都仰賴金門籍的旅台鄉親及赴台的金門水師官兵集資達成，這種會館與廟宇功能的形式，可從鹿港金門館的興建歷史作個案例分析。
隨軍渡台的蘇王爺並未馬上在當地建祠奉祀，最先供於金門人許樂三的宅第，直到嘉慶十年，許樂三獻宅改建「浯江館」，後來才名「金門館」，專祀蘇王爺。道光十二年，水師左營鹿港游擊劉光彩見金門館頹敗多時，就發動金門籍的水師官兵捐款重建；二年後修復完工，他在撰述的〈重建浯江館碑記〉說明了蘇王爺信仰的傳播途徑及鹿港建廟的始由：「曩者浯人崇祀蘇王爺之像，由淡越府，過鹿溪，而神低徊不能去。卜之曰：『此吉地也，其將住留於此』，然有是神必有是館，顧為之。考其史則係浯人許樂三所居之宇，遺命其子薄賣改建，時在嘉慶乙丑。鳩眾而成之，修其頹敗，補其罅漏，相與祈求禱祀焉」。在這次的修復，開台進士鄭用錫號召祖籍金門的鄉親，大家都盡了財力和物力的貢獻，鄭用錫的先人是從金門遷居苗栗的后龍，到了發跡之後，才再移住新竹，現在新竹市北門街仍保留有鄭氏的故居「進士第」及「開台黃甲」的執事牌。
鹿港金門館在咸豐五年，又由水師官兵集資修建，廟內還存有一方捐餉石碑。清代金門館附近一帶，也聚集大量從金門到臺灣謀生的鄉親，道光九年，金門人李海泉從新頭伍德宮奉祀蘇王爺神像渡台，定居鹿港的牛墟頭，鄰人皆前往膜拜，祈求的事情相傳都能應驗。咸豐三年李氏如眾人之願，獻蘇王爺神像安於原祀土地公的「景福宮」，最後以蘇王爺威力顯赫，改稱景靈宮以主祀之，並擴大廟制，重修宮殿。民國八十一年，景靈宮曾組團回到新頭伍德宮謁祖進香，並以降乩題詩一首誌其事：「離開故鄉幾百年，弟子有誼結善緣，弟子隨吾有三年，未知何時再結緣」。
有清一代，新頭伍德宮蘇王爺信仰隨著金門水師官兵的調防，分爐至台灣、澎湖、惠安、莆田等地；共同的神明信仰，甚至成為海外金門人聚集的會館，金門有句俗諺說：「凡事也著人，也著神」，宗教文化的交流結果往往是不可預料的精彩，充滿著先人無限的神祕與智慧。