近來小三通客運出現部份旅客通關兩岸輸出入犬貓，甚至發生犬隻逗留關口無人照應的事件。為此，動植物防疫所表示，為避免搭乘國際船班（含郵輪）無法順利輸出入犬貓，請旅客們遵守相關規定申報犬貓出入關，以免衍生防疫漏洞。動植物防疫所表示，犬貓登上國際船班（含郵輪）即屬輸出，畜主有責任於事先查明輸出、輪入國檢疫規定，並依輸入國檢疫規定向動植物防疫檢疫局分局申報輸出檢出檢疫，並取得核發之動物檢疫證明書後再辦理出口相關事宜，以避免犬貓無法入境他國。另犬貓返國前，應依我國「犬貓輸入檢疫作業辦法」規定，向分局申請輸入同意文件，並依同意文件辦理檢疫，指達國境後，向轄內分局申請輸入檢疫，經檢疫合格後始得放行。
由於目前我國犬貓只准由台松山機場、桃園中正國際機場、高雄小港國際機場返國。即便犬貓不下機船（未入境他國），仍應取得該國未通關證明文件，並依規定辦理輸入檢疫，經檢疫合格後始得放行。故飼主一旦將犬貓帶上國際船班，只能改以空運自指定機場返國，不得隨飼主搭乘同一郵輪返國。
而為避免犬貓搭乘國際船班輸出後無法順利入境他國或返國，請地區民眾配合辦理輸出入犬貓檢疫，輸入犬貓等寵物只能以空運方式自指定機場返國，即使搭乘同一郵輪返國亦無法入境，應儘量避免將犬貓帶上國際船班。