行政院公告修正「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」簡圖。（資料來源--行政院公報）

　行政院在十一月十八日公告修正「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」，但僅包括台澎、釣魚台列嶼、東沙及中沙等島嶼，金門及馬祖則「留白」處理，未公告領海基線；對此，行政院長吳敦義表示，過去十年來都是這樣做，一定有其考量，擱置爭議或許是重要原因。
　而行政院新聞局昨日也發布新聞稿指出，行政院得分批公告領海基線及領海外界線。研訂領海基線過程中，從未放棄金門、馬祖地區。
　內政部長江宜樺則表示，金門、馬祖屬中華民國主權管轄範圍，一年內將公告金門、馬祖附近領海在內的第二波領海基線。
　而國防部副部長楊念祖昨日也表示，政府公佈的原則不便評論，但金馬是台灣管轄領土，國軍仍駐守金馬，從未退縮。
　媒體報導，政府相關官員指出，未將金馬公告在內的原因，在於兩岸關係極為敏感特殊，加上中國早已將金馬劃入其領海基線內側，我方對此保持彈性模糊空間，避免發生兩岸爭議。
　中國在一九九六年公告部分領海基線時，就已將我國金馬兩列嶼劃入其領海基線的內側，使得金馬形同「中國的內海」，我國則是在一九九九年二月公告「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」，由於這是我國首次公告領海基線，各界都給予高度矚目，不料公告內容卻獨缺金馬二島，當時立即引發高度爭議，多位學者還撰文批評國民黨政府罔顧主權完整。
　而事隔十年之後，行政院在十一月十八日發布最新公告，內容對我國領海基線範圍稍作微調，但金馬二島仍然不在公告範圍內，理由同樣是與兩岸關係有關。
　政府相關官員指出，我國當年在首次公告領海基線時，內政部的版本的確有將金馬劃入我國領海基線範圍，但案子進了行政院後，卻由於總統府及國安會表明另有考量下，行政院最後裁決除金馬外，其餘都按照內政部版本。
而行政院長吳敦義昨表示，兩岸有一些共識，即擱置爭議、共創雙贏，有可能十年前在此前提下保持留白，因為金門馬祖是中華民國管轄區域，金馬以外是大陸管轄的範圍。他解釋，兩岸分治長達六十年，中華民國主權獨立也是屹立不搖的事實，兩岸對尚有爭議的部分保持留白，也是擱置爭議，避免兩岸為尚未最終劃清楚的界線產生不必要爭端，或許也是十年前、這十年來，無論是國民黨或民進黨執政，都沒有去變動的重要原因。
內政部長江宜樺昨日上午則發布新聞稿表示，行政院十八日修正公告的領海基線修正案，是依1999年公告的版本技術性勘驗及修正，無涉主權。他說，這次領海基線修正案，是因應國防部海軍自2005年起陸續更新海圖及轉換海圖坐標系統，為避免出現誤差，使領海基點坐標與實地相符。內政部著手針對1999年行政院公告的第一批領海基線進行更高精密度實地檢核修正作業，純屬技術性微調作業。
　江宜樺表示，金門、馬祖屬中華民國主權管轄範圍，從未間斷金門、馬祖的有效管理，研訂領海基線過程中更不可能放棄。
　而行政院也表示，依中華民國領海及鄰接區法規定，得分批公告中華民國領海基線及領海外界線。政府1999年公布第1批領海基線，當時考量兩岸關係特殊，暫未列金馬地區。金馬地區是中華民國實質管轄範圍，在研訂領海基線過程中，從未放棄金門、馬祖地區。