針對總統大選選務工作，金門縣選舉委員會經召開檢討會議，由於這次選舉仍有選民反映，未收到選舉公報及投票通知單。對此，選委會希望鄉鎮作業中心於後續選舉中能加強抽檢工作，並要求村里幹事應將上述資料確實轉送，以避免引起選舉人及候選人對選務工作提出質疑。

金門縣選委會經召開的第十二任總統副總統選舉及全國性公民投票案選務工作檢討會議，邀集鄉鎮作業中心、戶政、警察等參加。會議並由金門縣選委會委員楊財祥代理主持。

金門縣選委會指出，這次總統大選，在缺失檢討方面，選舉期間之選務工作均具時效性，選委會工作人員僅有專任組員一人(九十七年三月新增辦事員一人)，餘均為兼職，本職工作已自顧不暇，人員配置問題是選委會執行選務工作一大困擾。

縣選委會並指出，本次選舉仍有選民向選委會反映，未收到選舉公報及投票通知單，經了解係村里幹事委託鄰長代為轉送，而鄰長並無確實依選舉人地址分發至各家戶及選舉人，由於對此一問題，已發生多次，但仍未能澈底改進，希望鄉鎮作業中心於後續選舉中能加強抽檢工作，並要求村里幹事應將上述資料確實轉送，以避免引起選舉人及候選人對選務工作提出質疑。

選委會也指出，有關投開票所安全防範措施及應備之器材，經該會抽檢，發現部份投開票所內部消防器材老舊過期及備用照明設施不足，希望爾後選舉佈置投開票所時，確依投開票所工作手冊規範辦理。

縣選委會並指出，投開票所工作人員講習訓練，於授課期間部份工作人員並未全程參與，值得檢討改進。

選委會指出，本次選舉垵湖國小第二十一投票所發生違紀情事，選舉人許金龍為替年邁母親拍照投票情形做為紀念，擅進投票所內拍照，經主任管理員及其他工作人員制止及查扣底片，並依規定報會處理，違反總統副總統選舉罷免法第六十一條第三項規定，由警察單位依法製作筆錄，移送地檢署偵辦。

金門縣選委會表示，選舉事務極為瑣碎複雜，各項工作細節均得顧慮週全，尤需於法定期限內依法定程序完成，絲毫不可疏忽延誤。此次第十二任總統副總統選舉及全國性公民投票案，攸關國家未來發展及民主政治的走向，競選程度空前熾熱，全體選務人員均能體認其重要性，遵照上級正確之領導，發揮工作熱忱，嚴正執行選舉法令，在「公正、公平、公開」之原則下，圓滿達成。金門縣選委會並感謝所有選務工作人員的參與，期盼於檢討中，力求改進，務使今後選舉能達到零缺點之目標。