新政府上任後，金門縣政府積極彙整資料，將提請中央協助解決事項的提案，包括有金門港埠發展、航站工程、金門大橋興建、金門與大陸通水等。而就金廈雙邊事務均牽涉兩岸政策，金門縣政府也臚列建議列入兩岸協調議題，將送陸委會、海基會。

金門縣政府指出，為金門與廈門互動頻繁，馬總統亦提出金廈生活圈的概念，惟就金廈雙邊事務均牽涉兩岸政策，請中央准予將下列議題列入陸委會與海基會兩岸協商議題。這些建議列入兩岸協調議題如下：一、簡化陸客來金觀光七十二小時免簽證，以利金門開啟邊境旅遊，提振地方經濟。二、大陸人士赴台旅遊經由金馬出入台灣。三、解決金門地區長期缺水及原水不佳問題，建請由大陸供水金門。四、構建「金廈和平大橋」方便兩岸人員物資往來，以落實「金廈生活圈」的願景。五、建請金、廈辦理新台幣、人民幣自由買賣流通。六、建立金廈緊急救援(醫療與救難)機制，以保障人民生命財產安全。七、建議兩岸協調地點可選擇在金門或廈門，以增進金廈交流。八、兩岸郵政快遞，可由金廈為試點，先行辦理實施。九、開放大陸學生來金就學，以活絡地方經濟。而以上多項議題，金門縣政府將另以個案分析及建議實施方案，提報中央主管部參辦。

至於金門縣政府積極彙整資料，將提請中央協助解決事項的提案，包括：

一、案由：建請依地方政府需求，速予核定「金門港埠整體規劃及未來發展計畫（民國96-100年）」，並按計畫規模編列經費補助施建，以利水頭商港儘早開港營運。

二、案由：為落實馬總統開放兩岸直航政見，有關金門尚義機場航站區發展計畫第二、三、四期工程，請責成交通部民航局併同第一期工程整體施建，以應民需。

三、案由：建請支持興建金門(烈)大橋，並回復由交通部國道新建工程局賡續辦理興建計畫作業。

四、案由：請中央依據總統、副總統競選承諾，維持不開放大陸白酒進口政策。

五、案由：為金門與廈門互動頻繁，馬總統亦提出金廈生活圈的概念，惟就金廈雙邊事務均牽涉兩岸政策，請准予將下列議題列入陸委會與海基會兩岸協商議題。

六、案由：建請「簡化大陸觀光客赴金門之簽證手續」，優先開辦大陸來金旅遊免簽證措施，以利發展「邊境旅遊」。

七、案由：金門縣與中國大陸間之「金嶝大橋興建計畫」敬請中央列為兩岸會談協商主要議題。

八、案由：為解決金門地區長期缺水及水質不佳之問題，敬請中央列為兩岸協商增列金門與大陸通水項目。

九、案由：建請核准國立金門技術學院試辦招收大陸學生來金就讀案。

十、案由：金門縣海漂垃圾問題極為嚴重，影響到環境生態及海域觀光發展，建請中央寬列補助經費協助清除，並能透過協商管道與大陸協商妥善解決。