2014年4月商業週刊第1378期以斗大標題「阿共制裁反服貿？小三通驚傳卡關；…發現無關服貿，但背後有更驚人的事實…」連刊載三篇有關金廈貨運小三通這條海上綠色通道貨物通關種種黑幕與成為不法業者重大逃漏關稅的最佳捷徑，也引起高層的關注。
金門地區料羅港口對大陸福建地區7處港口之貨運快速通關，是自2001年中國大陸對臺所開啟的「便門」，正式名稱為「對臺小額貿易」，因此不用正式報關與商檢，有別於大貿路線（正常國際貿易管道）貨物需要7至10天才能到達，小三通貨物從臺北、臺中以及高雄等三港經金門中轉運送，1到3天即可送達中國大陸，也因此有了「海上快遞通道」的稱號，且受惠優良地理位置及兩岸經貿發展相依程序遽增，使進出(含中轉)港口之貨物量同步俱增，料羅港區進出口貿易金額，亦即小三通中轉大陸出口貨物數量（吞吐量），已由95年新臺幣（以下同）2億3千多萬元，增加到101年度的561億3千餘萬元，102年度更遞升到678億6千餘萬元，因而帶來龐大人、物、金流，正面挹注金門經濟發展。惟各項軟、硬體及人力資源有待加強，以免不肖人士藉管理漏洞牟取非法暴利，衍生出重大逃漏稅、走私案。
根據報載，近半年來金門縣警察局連續在料羅港區破獲金門地區史上最大宗價值高達新臺幣2千3百餘萬元高價電子產品重大竊盜案、配合高雄港警總隊查獲疑在料羅港區裝填、並在二只水泥槽櫃夾層內，起獲大陸生產的香菇及香菇絲474大箱，共計7,294公斤，市價約新臺幣3,000餘萬元；海巡署岸巡總隊亦於港區查獲高達150餘箱金門高粱酒企圖私運大陸地區走私案…等，相信這幾起遭查獲的案件只是冰山一嵎，其他私運成功、逃漏關稅牟利者，或更不計其數。惟更令人擔憂的，如此大型香菇、香菸等都可私運成功，遑論槍械、毒品等。
為澈底解決金門小三通貨運（含保稅櫃）的違法亂象，以根除違法走私、偷漏關稅等情事，權責機關實應肩負起組織規程所交付之任務，為港區腹地妥適規劃，如（1）劃清作業動線：設立儲檢專區、規劃內外分流，對境內運送、轉運境外不同目的之船隻停放、貨櫃暫儲位置，應明確區隔、內外分流，以提升不肖人士換櫃、調包難度。（2）健全監錄系統建置：儘速發包港區監視錄影系統，並落實執行進度，以提升港區管理效率，相關監錄影像並應落實規劃長時間保存，除供管理使用外，亦利發生刑案調閱取證。（3）落實出入管制：對出入港區、進入貨物區之人員、車輛、作業機械，應嚴加管制、落實登記，除預防有心人士動手腳外，發生刑案時亦有相關人、車紀錄可供清查、比對。（4）建置「船舶動態系統」、「船舶出港檢查資訊」及完善「CIQS」機制，有效掌握船舶確切動態。
職司國際航線通關、查驗業務的財政部關務署，為防杜走私、逃稅最重要關卡，除應強化「機動式海運貨櫃檢查儀」設備之貨櫃非侵入性掃描，更應建立「通關自動化」與「貨櫃自主化管理」機制，以電腦輔助，快速篩選出可疑或有問題貨櫃，使不法業者有所憚忌而卻步。