金門縣政府為因應逐年成長的小三通客運需求，改善水頭港在旺季的擁擠現況，並兼顧東西半島經濟發展，提出在107~108年間辦理「金門東半島多功能碼頭可行性評估」案，獲中央政策支持，歷經多次專家學者審查、現場會勘及召開地方說明會，最終選址定案於馬山西側海域興建「馬山港」。
「馬山建港」此一議題早已研議多時，108年5月間，縣長楊鎮浯邀約立法院交通委員會及交通部等相關部會，抵金視察地區交通建設。當時交通部長林佳龍在聽取縣府簡報和地方民意後，同意將馬山港案納入五年一期的國內商港發展計畫，並讓此案提前啟動進入更實質的規劃設計，同時將廈門翔安機場等可能的影響因素，一併納入檢討，希望全案能於下期（111~115年）計畫中順利進行。
去年年底金門縣議會第七屆第二次定期會第十會次專案報告議程，由議長洪允典帶領議員李應文、王碧珍、楊永立、李養生及議會主管等人，在縣府秘書長陳朝金和局處主管陪同，前往金沙鎮馬山三角堡視察「馬山港區」劃定、配置和辦理執行情形。
從馬山到對岸石井，航線比目前水頭到石井近許多，且陸方在翔安機場規劃客運碼頭，未來無論水頭或馬山至翔安客運碼頭都有替代性功能。而且，在東半島增加一處碼頭，泉州航線從馬山到石井僅十一哩，未來通航後確實有助於東半島的繁榮。
馬山港區陸域面積約23,035㎡，主要坐落於官澳測段689-4地號及689-8地號。新生地填築面積約8,500㎡，陸上配合國家公園第三次通盤檢討，將馬山港區劃出國家公園計畫，並循金門特定區計畫之用地規定劃設為「港埠用地」及「保護區」，概估陸域劃出面積約126,415㎡。海域配合馬山港區擴大特定區計畫155,015㎡為港埠用地，港埠用地總計181,739㎡。
隨著兩岸局勢的演變及大、小金門客貨運需要，近年來逐步完善的水頭、九宮兩港區，也正式以一港三港區（料羅、水頭、九宮）納入交通部核定的金門國內商港港區範圍。未來計畫新建的馬山港，將會是金門國內商港第四港區，對平衡東西半島的發展確實重要。
金門東半島在宋、元之際，原本是開發較早之區，所以像青嶼、陽翟都是金門出進士最多的官宦世家，但後來發展卻遠不及西半島的金城，東西發展失衡，金沙在裁軍後整個商圈更是沒落，想要振興，需要的就是馬山建港這劑「強心針」。
未來馬山港主要任務為輔助經營小三通客、貨運，對接泉州石井港及備援未來翔安機場轉運旅客，以紓解水頭港區快速增加的旅客量，並平衡東西半島經貿發展；次要任務為提供東半島海上遊憩據點與緊急避風水域，也將納入符合多功能碼頭的使用需求，協助活絡地方經濟及促進產業轉型。
馬山港區初步可行性已評估通過，中央也同意將馬山港案納入五年一期的國內商港發展計畫，後續航港局對於港區劃定要儘速交付核定；未來水頭碼頭擴建為三百五十萬旅運人次，馬山港區做成可容納兩百萬人次的旅運中心，對東半島而言是加速發展的最大契機；未來兩岸若有共識，也可以促成「金嶝大橋」的建設。