近年來小三通貿易面臨一些發展瓶頸，地區貿易物流很難獲得長足發展，其背後因素值得探究，金門小三通貿易係指金門與廈門、泉州、漳州等多個小三通口岸之間的海運貨運往來，小三通貨運的開通對於金門的發展和兩岸經濟交流起到了相當重要的帶動作用，其性質上非屬於國際貿易範疇，嚴格來說只能算是一種邊境貿易，其法源最早始於1993年，由中華人民共和國對外經濟貿易合作部與海關總署聯合發布《對臺灣地區小額貿易管理辦法》，這一辦法開啟了金門小額貿易的野蠻式生長。
當年許多走私衝山等不規範貿易行為充斥在大小金門的海上及岸邊，此一灰色貿易渠道曾為早年地區小微商販與村莊聚落閒置勞動力的主要收入來源之一，後來戰地政務解除後，由於大量撤軍導致軍需經濟萎縮，以及產業結構薄弱、產業替代政策不足，小額貿易、灰色貿易的興起，曾緩解了地區民眾經濟收入來源短少的窘迫境遇。
2000年3月立法院通過《離島建設條例》，於第18條明訂「為促進離島發展，在臺灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門、馬祖、澎湖與大陸地區通航。」，此一「小三通條款」的設立為金門的邊境貿易正式取得了法源依據，由於兩岸推動小額貿易除罪化，曾讓金城鎮莒光路上的「陸貨一條街」風光無兩，但後也因走私產品不規範，讓陸貨銷售不再暢旺如昔。
2007年陸方開始推出十萬元美金以下的小額貿易除罪化政策，尤其自2008年起小三通船隻往返次數增加，大幅提升運能運量，並於2014年開始實行24小時不停航，有效提高運輸效率。廈門口岸更針對台灣海鮮水產、農產品開通綠色通道，加快貨物清關通關效率，再透過轉關換船的方式成功增加海運快件業務的運力，大幅提高海運快件航線密度與通關時效。
但由於對岸數度打擊走私灰色清關，疊加兩岸政治局勢不穩，加上本地船商經濟規模、邊際效益不足，船運業先天體質不良，導致企業經營成本上升，風險承受能力薄弱，更由於從廈門至金門的航費居高不下，甚至比廈門直運台灣本島的物流成本高出許多，讓許多有意來金發展製造、物流業者深感吃不消，紛紛打退堂鼓。
尤其料羅港航道淤淺、船舶大型化、水深不足等問題，歷經逾十年規劃的「料羅港區北碼頭區圍堤造地工程」業已動土興建，該工程將可解決料羅港區浚深土方收容、發展腹地不足等問題，進而提升港區船舶航行安全，大幅增加港區腹地空間，並用以發展海運快遞專區、物流倉儲發貨中心等相關港埠設施，從而提升小三通貨運中轉、海運快遞、保稅物流等周邊基礎配套設施用地供應，進一步落實兩岸經貿發展特區等中長期目標，並帶動金門小三通貨運關聯產業轉型升級，期為金門和平經貿特區等中長期目標創造有利發展條件，夯實物流產業基礎配套，尤其兩岸小三通港口應視同「準國際港」，再加上發展腹地儲備量上升，將有利於小三通貨運中轉、海運快遞專區、保稅物流發貨中心等產業基礎建設之順利推動。