明朝開國後，明太祖朱元璋按照行政區域的等級，分封京都的城隍為承天監國司民升福明靈王，省為監察司民城隍威靈公，府為靈應侯，縣為顯佑伯。洪武三年（1370年），再次下詔依古制，凡是嶽鎮海瀆並去前代所封名號，只以山水本名稱其神。此時城隍的封號，簡稱為某府、州、縣城隍之神。洪武二十一年（1388年），增加廟祀，設座判案，猶如地方官府的轄制。地方官管理陽世，屬於明，城隍管理陰間世，屬於幽；朱元璋曾對大學士宋濂說過：「朕立城隍，使人知畏，人有所畏，則不敢妄為。」又詔劉三吾曰：「朕設京都城隍，俾統各府、州、縣之神，以監察民之善惡而禍福之。俾幽明舉，不得僥倖而免。」這些都可以闡明他分封城隍的原意。

明洪武二十年（1387年），朝廷為了防禦倭寇，命江夏侯周德興在浯洲嶼設立金門守禦千戶所，隨後所城內並建城隍廟，供軍民祭祀膜拜。早期后浦的人口稀少，主要以陳姓、許姓兩大巨族居多，明末開始，后浦港對外通航便利，商業市場稍具規模，聚集的住民漸漸增加；因有幾次倭寇、盜匪侵犯擄掠的慘痛經驗，濱海地區也有簡單的防禦工事建築。此時的人民相信；隍社（城隍爺與土地公）是保佑他們平安幸福的神明，但是后浦的城隍廟卻毀於清初兵馬倥傯之際。康熙三年（1664年），清兵攻佔金門，毀城棄地，實行堅壁清野的遷界政策，把百姓遷到距離海邊三十里的界內，島上頓時成為一片廢墟。康熙十三年（1674年）到康熙十八年（1679年）之間，金門復為明鄭政權所佔領。一方鑲嵌在后浦城隍廟的「重建城隍廟記」石碑，含蓄婉轉的講述過往史蹟：「金之城隍廟，廢於勝國遷移之時，迄今僅傳故跡。欲尋其坐向基址，敗瓦零石，已無復有存之者」。

康熙十九年（1680年）清軍收復金門，規置金門鎮總兵官駐紮金門城，統轄中、左、右三營。康熙二十一年（1682年）總兵陳龍以舊城殘損、南岸泊船不易等理由，遷治到較無地勢屏障的后浦社，后浦城形成金門防務的行政中心；但是金門城的古地城隍爺，並沒有隨著總兵署的遷移，進駐了后浦城的轄區。次年官方的復界安民措施，讓長年因戰亂流浪在外的鄉民，逐漸的返回故里安居樂業；而后浦城隍的閒置，也耽擱了一百多年的漫長歲月，探訪重建動機的背後真相，再度的引起各個不同角度的人文思考。

清朝有地方官署就會鼓勵興建城隍廟，在偏遠較難治理的地區，地方長官特別注重城隍廟的祭典。曾經監修過《金門志》，福建分巡興泉永海防兵備道周凱在他的〈閩俗錄序〉提到福建風俗民性說：「閩省十府、二州、六十二縣，稱省以北為上四府，省以南為下四府，上府之民戇，下府之民頑，而漳泉尤稱難治。」金門民風俗上雖多從簡樸，但偏惑於鬼神，迷堪輿之說，造成民事訴訟爭端四起，官府難以斷理分明。清《金門志》有例：「病雖用醫，然扶鸞抬神問藥，延巫覡禳符燒紙，至死不悟。」，「葬地惑堪輿家術，盡誠致敬，聽憑指擇；又必合乎年命，均其房分。故常寄厝多年，強者每貪其地，恣意佔葬，牙角交訟，虛詞限遷，破耗資產不恤。近山鄉鱷，藉傷煞為詞，挾制阻撓，掯索賄賂，不厭不止，最當痛懲。」后浦四方人馬雜處，宵小歹徒所為，難以斷清根源，一旦勾結外盜醞釀禍患無窮。書上如是寫著：「鼠竊狗偷，間所時有。惟列炬持械，排闥搜掠，為害最鉅；雖后浦官兵森列，猶弗能免。每歲杪，官令四境互相巡邏，特治其末耳。」主政者當務之急既要從事實面上著手，又要正本清源的移風易俗，這時后浦官紳鄉民同時想到重建城隍廟，有個兩全其美的特殊意義。

民間都相信傳城隍廟是受事察訟、賞善罰惡、是非分明的聖地，祂的部下神明有文武判官、六部司、六將爺、三十六關將、七十二地煞。判官負責掌刑、掌善簿、掌惡簿、掌生死簿，其中掌生死簿者為首席判官，衙役皂司執行勤務，和人間衙門問判相同。據清末后浦城隍廟印送流通的勸善書籍《闇室燈註解》看來，易經所說的道統：「積善之家必有餘慶，積不善之家必有餘殃」，正好與百姓人民：「善有善報，惡有惡報」的因果報觀念應契合，是「諸惡莫作，眾善奉行」的行事道德準則。

后浦自從營兵進駐後，軍民關係相處並不是很融洽，舊《金門志》說：「結營所在，刁悍兵丁凌轢士民，孱愚不敢觸其鋒」。首任金門鎮總兵官陳龍遷治的動機，坊間流傳他是受人鼓惑之說，《后浦許氏族譜》稱：「艱於子息，有嗾之於浦者，壬戌，陳遂移駐吾家，於是荒城兵墟漸成堅壘」，這些恐怕都是因為佔用民地宅院，百姓敢怒不敢言的結果。

清代中期金門鎮總兵署的職務，大多以守衛海防，緝盜勦亂為主；人民成天把「好鐵不打釘，好男不當兵」掛在嘴邊，足見也不敢招惹這些火裡來，水裡去的兵爺們。即使一般衙署的皂隸，盛傳欺凌弱勢，儼然成為官治不清的禍害，《金門志》指控：「舊制縣丞皂隸民壯各四，例給工食，近來合白役多至六、七十名，又以流犯充民壯，小案票簽六、七名，民尚易勉強飽其谿壑，如波累命盜巨案，則全班盡出，輒破人產。」位於塗山頭下，即今奎閣的下端，是昔日官府差役聚集居住的地方，俗稱總爺街；金門有句俗諺說：「后浦人怕食，鄉下人驚掠」，形容后浦人因忙於生意買賣，怠慢招待賓客，鄉下人進后浦城，往往遭受差役藉故恐嚇，而心生畏懼。這些差役的裝扮形象，現在都可以在城隍廟內看到，他們頭上戴的黑帽或紅帽，用來區分皂班和快班，進行一般及緊急差遣事務。有的執竹板，掌笞杖之刑，有的拿著城隍簽發的火籤，帶絏頸拘捕犯人下獄歸案。

嘉慶十六年（1811年），文應舉由閩安調任金門左營遊擊，后浦城隍廟舊址，剛好位於清代左營遊擊署與左營守備署之間。他雖然祖籍廣東，曾祖父擔任過金門遊擊，定居在后浦。但文應舉勇義好善，向來以回饋鄉梓為己任，既然調任金門遊擊，熟悉官場民風利弊。由眾人的推說下，他請示鎮縣長官的首肯，率先捐銀二千二百兩倡議重建后浦城隍廟，獲得金門各鄉信眾熱烈勸募，當年的十月開始動工。嘉慶十八年（1813年）四月，重建完成后浦城隍廟。自古以來，中國總是保有忠烈廉明的地方官，去世後榮調城隍的傳說，明周暉的《金陵瑣事》刊印：「陳矩庵欽廣東提學，死於任，即為廣東城隍。」、「周蒙泉冊永定知縣，死於任，即為永定城隍。」道光四年（1824年）起，數次調任金門鎮總兵官的陳化成，中英上海吳淞口之役衛國殉難後，朝廷建專祠，入祀京師昭忠祠；民間同時咸信升任城隍神，依然護佑黎民蒼生。金門后浦城隍信仰，受到軍民莫大推波助瀾的助力；每年四月十二的出巡，顯然是結合水師供奉於內校場觀德堂蘇王爺，一併舉行繞境遊行。道光年版的《金門志》描繪當時的情景：「夏仲，迎城隍，曰出巡；間五歲一舉（或議迎城隍當停罷，論甚妥。無已，或二十年一舉）。先期鳴金鼓，喧繞境內。至日，窮華極侈，閱遊鄉村，粧飾人物執事，旌旆飛揚，音樂間作，人家置几櫝焚香楮甚恭。正神端拱輦上，餘神貤輦擁進。旋廟，設醮演戲甚夥」。咸豐三年（1853年）四月，小刀會海澄黃德美倡亂，佔領廈門為根據地，意圖侵犯金門，島上人心惶惶，官紳會集城隍廟，商議禦敵戰策，募團民丁分駐各個要隘，六月十六日在后浦中港擊退來襲船隊。事平之後，地方人士也歸功於城隍爺的庇佑，增加鄉親共同合力抵抗外侮的信心。按照金門傳統營建的習俗，城隍廟興建六十年後須重新奠安，光緒十二年（1886年），金門各鄉社都共襄盛舉捐資翻蓋城隍廟，「捐題翻蓋芳名」石碑中可辨識的有：「古坑、瓊林、榜林、古寧、官澳、浦邊、安岐、歐厝、湖下、盤山、西浦頭、埔后、湖尾、東沙、下市、小西門、東林、頂埔、后盤山、山灶、東洲、下埔下、何厝、后頭、山外、上林、西倉、西邊、東坑、湖下、下湖」等地區。

城隍廟的格局仿官衙式建築，兩廊比照吏、戶、禮、兵、刑、工等六部，列供城隍的六房司如財帛司、福德司、衡文司、採訪司、速報司、功德司等；另設解冤公，專門評斷爭訟冤情；民間有「一代官，九世冤」說法，案牘堆積的都是人民的辛酸血淚情，到頭來千算萬算不由人算。大門設有木柵的攩眾，插置城隍爺出巡遶境，列肅靜、迴避的開道二牌，這座依閩南最高神格歇山重簷制式興建，一九九三年拆毀，重新建起今日所見的新廟。

宣統二年（1910年）十二月二十日，后浦大街失火，延燒店屋四十餘家，事後清除災區殘垣敗瓦，都移置城隍廟南邊，因為堆積如山，而且隆起的形狀，有如軍事攻城器械木驢的樣子，俗稱「木驢仔堆」。每逢城隍廟作戲，民眾最喜歡站在木驢仔堆上觀戲。文獻上的資料，明代中葉，金門城城隍廟戲台，曾書寫著一副頗富人生哲理的楹聯曰：「凡事莫向前，做戲何如看戲好；為人須戲後，上台總有下台時」。

清代后浦迎城隍的習俗，舞動神靈的祭典；「旗、鼓、輦」迎接慶祝「天、地、人」和平共處時代的來臨。