金門明清兩朝時期，原屬同安綏德鄉翔風里，南宋以前，海宇清平，無事可記，迨至明季，海盜猖獗，劫掠騷擾，民受其害，嘉靖間，倭寇常來擄掠，海盜累起，洪武中，太祖曾下旨曰：「各省孤島人民，既不得他用，又被作歹，可盡行調遷連山居住，給官田以耕，宅舍以居，於是福建、廣東暨澎湖，三十六嶼，盡調遷，以三日為期，限民內徙，後者死」，民眾倉促不得舟，皆用門板床簣作筏，覆沒無萛，田稅五千餘石，錢三十餘萬，仍須照收，斯時民不聊生，有鬻子女賦稅者。

明洪武二十年（公元一三八七年）江夏侯周德興、為福、興、泉、漳四郡刺史，為加強海防守禦，在廈門築城為中左所，浯洲築城為金門所，徵郡民為兵五千六百名為衛，一千一百二十人為所。

金門城在浯洲之南，距後浦五里許置千戶所，城周圍六百三十丈，高女牆二丈五尺，窩舖三十六，外環壕溝深丈餘，東、南、西、北各建門樓城上，千戶所設正副千戶各一員，百戶一員，試百戶一員，鎮撫一員，差操、屯種軍，舊額一千五百三十名，存標海軍六百十八名，屯種軍七十四名，屯田三十五頃三十畝，在金門城北門外為教練場，營房八十六間，軍器一千七百餘件等，此為金門城所建制大概情形。復在官澳、陳坑、峰上、田埔、烈嶼等處築寨，設巡檢司一員，從九品、司吏一員，每司原編弓兵一百名，輪流把守，以防海寇，按當年兵力配備，可謂相當嚴密。

永樂十五年巷（一四一七）都指谷祥，將城增高三尺，並砌西、北、南三個月城，正統八年（一四四六），指揮劉亮，千戶陳旺，增築四門敵樓，嘉靖二十七年（一五五八）所城公署，燬於火，至康熙初重修，為總所駐劄，高聳臨海，極目東南，為海門要地，康熙二年（一六六二）遷界之役，迫民遷入內地，城燬屋焚，康熙十九年（一六八○）改金門為鎮總兵，廿一年（一六八二），總兵陳龍，見所城稍圯，人煙稀少，不能恢復舊觀，乃移駐後浦，舊城遂廢，唯舊日城垣廢址，雖經三百餘年風雨侵蝕，尚有城基可尋，民國八十九年期間，金門縣政府，為保護舊城古蹟，在東門建築城樓一座，象徵昔日風采。

金門總兵署，位於金城浯江街五十三號，舊為叢青軒，原是明神宗萬曆年間「會元傳臚」許獬，勵志苦讀故居，由於地點適中，場地寬暢，明、清至民國，每多為「官衙」辦公處所，康熙二十一年（一六八二），總兵陳龍始改建為「總兵署」，曾為縣丞處所，民國四年為金門設縣「縣公署」，十六年（一九二七）縣公署改為「縣政府」，民國卅八年十二兵團駐金，為金門防衛司令部、福建省政府官署，司令官胡璉劉玉章曾駐隔鄰一座樓房作為官舍。四十五年金門政務委員會、金門縣政府合併在此辦公，秘書組在正廳、右翼為政務組、財經組，左翼為保警組、監察室、主計室等單位辦公，金門縣遷入新址後，後為民防總隊、金門警察局等單位使用，警察局、民防總隊他遷後，重修總兵署於民國八十五年四月一日開工、至八十八年六月廿八日完工，總工程費新台幣八千二百八十二萬四千二百七十三元，恢復當年雄偉壯觀，也是全國保持最完整之衙署。

官署內具有歷史意義價值，署後有棉樹一棵，數人合抱，樹齡有一百多年之久，每年三、四月間繁花齊放，千萬朵紅色花蕊，燦爛天空，衙署內有兩棵榕樹，亦有百年歷史，民國四十六年，政委會秘書組同仁在大堂（廳）辦公，目睹靠近大廳一株榕樹，長出三支氣根，鼎足而立，靠近大門一株榕樹，一支氣根，恰似粗獷猿臂，伸入土中，歷經四十多年風雨晨晦，氣根宛如斗大，與樹幹連接，天造地設，真是一種奇跡，特筆加予敘述。

總兵署為四進兩廊四合院，金門縣政府，為保存金門歷史文物，報請中央補助修繕八千餘萬經費整修恢復昔日風貌，闢為金門歷史文物典藏館，並定於九十三年十月十五日下午二時揭幕典禮，由縣長李炷烽，立法委員吳成典，共同主持，政府機關首長，觀禮民眾三數百人，一時鑼鼓喧天，舞獅隊在衙門口表演，獅隊表演完畢，揭綵帶，開衙門入內，李縣長並致詞，表示總兵署具有三百多年歷史，內政部評列為國家三級古蹟，今為金門歷史文物典藏館，供民參觀，追懷前人偉業。（註，清兵制鎮約萬人，今日師級單位）

該館展出文物為：東科房一，原是吏、戶、禮科房，現作為金門歷史源流，與古代金門防衛展示。東科房二，原是吏、戶、禮科房，現作歷任金門總兵在金事蹟，及金門籍武將事略展示。東將裨廳一，陳列叢青軒原主許獬事蹟，及金門防海圖。（裨為偏將或副將）。東將裨廳二，為早年民間收藏之文物，於總兵署內闢間陳列。東耳房一，陳列民間新房文物展示。東耳房二，金門文物陳列，清代武試意境展示。西將裨廳一，清金門鎮總兵署建築演變及模型展。西將裨為二，清代水師戰船展示。西科房一，原為兵、刑、戶科房，今改為遊客休息處。西科房二，兵、刑、工科房，今為遊客休息處。位於大門兩側，一為材官廳，一為旗廳，西耳房為清代水師兵器展示。宅內左次間，清代武試意境展示。宅內明間，清代總兵家居會客情景，宅內右次間，清代水師任務展示。內署明間，總兵與部屬議事情景，內署左次間，清代旗幟及武官服，東室原為貯餉庫，整建後陳列兩部份：（１）軍令、印信展示。（２）清代誥敕與封贈制度及規制表。大堂，衙署大堂案桌及堂內陳設。西室，原是貯藏王命及書籍之所，今連同地下室作為牢房，及清代軍法與刑具展示館，地下牢房有蠟像陳列等，該館收集史料豐富，細心瀏覽一遍，不禁緬懷諸先賢，守禦金門，理民治民，歷盡滄桑歲月，為浯洲付出和奉獻。