由兩岸紅十字會於1990年9月12日在金門簽署的「金門協議」即將屆滿二十週年，媒體報導，台北方面已規劃相關活動，馬英九總統預計邀請當年協議簽署人陳長文律師對話，並錄製治國週記，台灣紅十字會更將出版專書，見證兩岸互動歷史。
值此「金門協議」簽署二十週年之際，作為簽署地點的金門不應該缺席。
「金門協議」的簽訂有其歷史背景，1987年底，台北宣布開放大陸探親之後，兩岸民間交流日趨頻繁，隨著交流激增，諸多衍生性問題也隨之浮現，其中尤以「大陸偷渡客」所產生的問題最為棘手。在兩岸紅十字會簽署「金門協議」之前，台北方面對於大陸偷渡客的遣返方式是「原船遣返」或「併船遣返」，然而，在1990年7、8月間，卻接連發生「閩平漁5540號船難事件」與「閩平漁5202號船難事件」，對此嚴重意外，北京反應異常激烈，除強烈要求台北在進行遣返工作時，應確保大陸人民安全並給予人道待遇外，並建議以「省對省」的談判方式解決爭端，台北方面或許為了規避官方的接觸，並破解北京藉省對省談判矮化台灣的意圖，於是透過紅十字總會積極協調，終於促成兩岸紅十字會代表在金門進行會談，最終並完成歷史性的「金門協議」之簽訂。
「金門協議」之重要性與意義何在？顯然不應以兩岸即將邁入後ECFA時代小覷，要知道，「金門協議」的簽訂早在台北發布「國家統一綱領」、宣告終止「動員戡亂時期」之前，職是，「金門協議」的簽訂其實代表了台北已經正視北京在中國大陸的治權，並逐漸揚棄長期堅持的「漢賊不兩立」與「三不政策」。果然，在「金門協議」之後，兩岸又進行了合作共同打擊海上犯罪程序性商談、兩岸公證文書查證暨間接掛號郵件查詢及補償技術性事務商談，甚至於1993年4月27日在新加坡舉行舉世矚目的「辜汪會談」，足見，「金門協議」確已對兩岸往後的談判立下基礎，尤其在「金門協議」談判過程中，雙方代表所展現的對等誠意與相互尊重，更成為往後兩岸談判過程中的一個良好的示範。
就實際面而言，在協議簽署之後的第一次遣返作業，是在台北方面軍警人員戒護之下執行的，代表著兩岸會談結果須由雙方政府配合執行，凸顯兩岸分治的事實，特別是刑事犯亦循「金門協議」之模式進行遣返作業，對兩岸共同打擊犯罪更有正面意義。
從2008年兩岸復談以來，馬政府已與北京簽署十多項協議，兩岸的關係確實不可同日而語，儘管如此，吾人不應因此輕忽了「金門協議」的歷史意義，馬政府在規劃相關紀念活動時，應凸顯金門在兩岸關係中的關鍵性角色，並賦予金門在未來兩岸交流中更多的積極性定位。