宋時福建即有溺女嬰陋習的文獻記載，千百年來的封建社會，重男輕女觀念根深蒂固，女性的生命權利無法受到應有保障。在金城浯江書院和基督教會之間的法院宿舍，即為清代金門扶養棄嬰的育嬰堂舊地。
傳統上民間生男孩稱恭喜，生女孩則曰也好，十足表現落伍的觀念。舊時坊間有換花習俗，聲稱能將懷胎中的女嬰，通過法事儀式轉變為男嬰；較為不人道少數走偏門者，直接將活生生的女嬰，送至海邊祭祀放水流，寄望以死換生，下一胎會如願以償生男兒，咒以「海水青青，女兒換後生」等語。
清代中葉社會動盪，貧苦人家謀生不易，加劇閩南棄嬰風氣。有些生下來的女嬰，直接溺斃在房間馬桶裡，或者遺棄任其自生自滅，泉州府為此才開始致力於地方救濟策施。金門育嬰堂是繼廈門育嬰堂之後，廈門育嬰堂在乾隆31年（1766年），設立於廈門港火仔垵，由當時巡道蔡琛就原先註生娘娘廟，改為施行善事的普濟堂，由官方雇請數名乳婦，提供衣食，收哺女孩，皆由興泉永道撥發經費，聘請當地公正士紳董其事。筆者近年來多次走訪廈門洪本部一帶，找到清代廈門育嬰堂遺址，可惜已經過幾番的翻修更改，僅得殘碑憑弔，難以窺得全貌。
金門育嬰堂的起源，是受到廈門的影響，清道光28年（1848年）8月，金門縣丞李湘洲及金門鎮右營遊擊鍾寶三，聯合鄉紳林焜璜、蔡師弼、蔡漣卿等人倡建育嬰堂來收養女棄嬰，到了同治元年（1862年）才在後浦縣衙西面完成二進的建築，明定育嬰堂規條，收孩、領孩、扶養、募捐經費等細項，都有一定的規範程序，拯救無數女嬰的小生命。民間的習俗，孩子的出生都歸註生娘娘所管轄，按照慣例堂內也祭祀註生娘娘。
育嬰堂的興建及經營過程，應歸功林焜璜及林豪父子，他們平日熱心參與地方公益事業，林焜璜極力奔走募款，舉人林豪曾經寓居廈門虞朝巷，繼承父志續修《金門志》時，另在規制志中獨立篇章，詳盡的書寫籌設育嬰堂的緣起和經過，喚起鄉人對這項慈善事業的重視。光緒22年（1896年）林豪經理育嬰堂，光緒33年（1907年）林豪遠涉重洋到新加坡，在當地住了二、三年，為家鄉籌募育嬰堂經費，寫了不少相關詩文。
金門育嬰堂成立不久後，由於收養的女嬰過多，造成經費不足，幾度將部分女嬰撥請廈門育嬰堂協助扶養，解決嬰多費少的問題。民國之後民智大開，送嬰者少，遂廢止育嬰堂，原址多次淪為軍隊駐所及自治區公所。1948年金門司法處設在北門街舊禮拜堂，因為是屬於金門基督教會產業，教會提出收回請求時，司法處找到已為區署的育嬰堂，準備建築法院，並成立籌設「建築金門縣司法處籌備會」選出十五名駐會委員，公推許允選當主任。資金的來源，先是拍賣掉在後浦大街的日據敵偽產業店屋一座，再向高等法院請求撥款，不足部分由縣民分攤認捐。
金門育嬰堂從有到無過程，講述一段金門移風易俗的歷史。