二○○○年政黨輪替，陳水扁上台之初亟思改善兩岸關係，當年慶典文告或談話，多次宣示要開創兩岸新局，國人寄以希望。但後來的發展恰恰相反，兩岸關係不進反退，主要原因是執政成績不佳，貪腐弊案傳聞不斷，以及台獨基本教義派勢力掣肘，為轉移焦點，只好選擇犧牲兩岸關係為代價，先是否認「九二共識」，再以「一邊一國」激怒中共，兩岸關係因此惡化。扁政府內政不修，經濟不振，卻不斷以新憲、廢國統會、公投入聯等策略操作統獨議題，弄得美國都跳腳，批扁是「麻煩製造者」，台美關係降到低點。要言之，阿扁執政八年，激化統獨議題，導致兩岸關係停滯、空轉，對立加劇。
二○○八年三月廿二日，馬英九當選總統，將兩岸關係視為上位的外交政策，以「和平共榮」的新思維處理兩岸關係，在就職演說提出「正視現實、開創未來；擱置爭議、追求雙贏」的主張，以「一中各表」的九二共識基礎，啟動海基、海協對話平台，積極推動雙方關係。大陸國台辦面對台灣新的政治情勢，提出「建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏」原則，希望兩岸雙方共同努力，開創和平發展新局面。六月十二日，海基會董事長江丙坤與海協會會長陳雲林在北京會談，為海峽兩岸兩會中斷十年的僵局開啟了歷史新頁，會談敲定周末包機和陸客觀光兩項議題，簽署正式協議；中共總書記胡錦濤於會見江丙坤時說了「平等協商、善意溝通、積累共識、務實進取」，希望實現攜手合作、共同發展、互補雙贏的目標。
二○○八年十一月三日，大陸海協會會長陳雲林來台，創下兩岸分隔六十年，大陸來台訪問層級最高官員的新紀錄。之前，馬總統提出「正視現實、互不否認、為民興利、兩岸和平」基本立場，表達對兩岸政策的高度期待。這次「江陳會談」在台北舉行，民進黨強力動員黨員如影隨形抗議，包圍會談、餐敘地點；政府則動員七千名警力強力維安；黨政官員與大陸訪客觥籌交錯，場外嗆聲不斷，形成國、共兩黨水乳交融，自己內部吵翻天的有趣場景。這次會談簽訂包括航運、海運、郵政合作與食品安全機制等四項協議，等於宣告大三通已然來臨，深層意義是兩岸兩會建立制度性協商機制，為雙方正常交往營造良好條件。
第三次「江陳會談」於今年四月廿六日在南京登場，順利簽署包括：兩岸空運補充協議，將包機直航更改為定期航班；司法協議，建立司法互助與共同打擊重大犯罪機制；金融協議，建立金融合作監管和貨幣清算機制；同時達成開放陸資來台投資的共識。由於雙方談判代表幾度交手，都有誠心與善意增進彼此關係，也累積了彼此的信任，這樣務實交往，就兩岸長遠發展的大格局來看，符合雙方利益。根據近期部分媒體民調顯示，馬政府以兩岸交流為主軸的施政漸獲成果，也得到多數民意的支持，值得注意的是，在野黨對政府的任何兩岸政策作為，總以「傷害台灣主權」的立場，持反對意見；更令人遺憾的是，兩岸都可以捐棄前嫌坐下來談了，但是朝野兩黨卻始終王不見王，雙英不會，總是隔空喊話，毫無交集。看來在野的民進黨如果不能放掉意識形態上非要反中共、反國民黨的立場，台灣就得一直沉陷在這種藍綠鬥爭的惡性循環中。
兩岸關係在台灣來說是一個既複雜又微妙的政策領域，排除國際因素，就台灣內部而論，說穿了是藍綠政治利益的糾葛。馬政府一年來在兩岸關係上快速融冰，北京、台北、南京等三次「江陳會談」，雙方計達成九項協議、一項共識，和平共榮成果逐漸呈現，實屬不易。前瞻未來，面對在野人士對台灣主權問題的憂慮，馬總統必須一本「以台灣為主，對人民有利」的政策原則，化解內部歧見，凝聚共識，只有自己人團結，才是與對方談判的最佳籌碼。至於民進黨，應該務實面對兩岸關係新局，提出一套符合國家利益的兩岸政策論述，允為該黨當前不能迴避的重要課題。