經過半年多的規劃，「金門縣離島綜合建設實施方案」已於一月底陳送內政部離島建設指導委員會。負責規劃的台大城鄉所擬出「閩東南雙子星」為主軸，整合十大部門共九十個分項計畫，希望透過八項策略來達成目標。該項計畫總經費達一百八十六億二千六百餘萬元，其中一百八十億五千八百餘萬元希望獲得離島基金補助，其餘五億六千八百餘萬元則由縣府自籌。

經過多次與縣府各局室、各鄉鎮公所及縣民研商並舉行座談會後，台灣大學建築與城鄉研究所終於在一月底如期交出「金門縣離島綜合建設實施方案」。城鄉所認為金門的未來應該設法善用兩岸中介地理位置，扮演客運中轉樞紐等角色，產業結構則應朝運輸業、運輸服務業、觀光旅遊業、教育訓練產業移轉，與廈門互補共生，形成「閩東南雙子星」。

在該項綜建實施方案中，台大規劃出八項發展目標，包括兩岸客運中轉樞紐、台金廈旅遊圈、台商幹部培訓基地、閩東南僑鄉文化研究與區域發展研究重鎮、台商子弟安心就學基地、地方產業升級與轉型、資源互補的金廈生活圈、研擬支持性制度等。

在兩岸客運中轉樞紐方面，發展策略包括：一、建立密集與便利的中轉航線。二、推動台金航班的增加與儀器導航的升級，以提供足夠的轉運設施。落實在綜建實施方案中則編列了交通部門的金廈定期航班推動與執行計畫、金門航空站儀器導航計畫、金門水頭商港建設計畫、金廈大橋評估規劃計畫等十一項。其中航空站的中期改善計畫列在中央駐金單位的建設方案底下，其中亦包含航空公司報到櫃臺增建計畫等。

在台金廈旅遊圈方面，台大規劃的發展策略包括：一、以大陸旅客為近期目標市場，吸引陸資投資於空運服務業、旅館業、小客車租賃業之旅客運輸業，以陸資的通路帶動金門觀光市場。二、推動開放大陸觀光客經金門中轉赴台觀光。三、擴大辦理金門與大陸的文化交流活動，作為台金廈旅遊圈的先驅活動。四、成立「金廈觀光旅遊協會」，作為兩岸事務交流的民間組織。五、以金酒、戰役史蹟、閩南人文地景為針對大陸目標市場所設定的最重要觀光主題。落實於綜建實施方案中，則在觀光部門底下編列了金門與大陸旅遊發展計畫、促進民間投資觀光計畫、觀光產業經營體質改善計畫、區域性觀光景點整合再生計畫等；產業部門亦有金門獎勵台商、外資、陸資投資辦法研擬計畫，規劃設置大陸旅客觀光免稅購物中心計畫；教育文化部門則有擴大推動兩岸文教交流計畫等。

台商幹部培訓基地方面，台大認為應透過兩項策略來落實，包括爭取設立商業管理相關課程，使金門成為台商幹部培訓中心；積極協助國立金門技術學院獨立設校，長期擴展為金門大學，提昇金門高等教育資源，以發展教育訓練產業。落實在綜建方案當中則於教育文化部門編列了爭取大學在金設置ＥＭＢＡ課程，國際會議及員工培訓整合計畫等。

閩東南僑鄉文化研究與區域發展研究重鎮方面，其發展策略包括：一、成立「閩南區域暨金廈發展研究中心」閩南研究中心，從全球化與地方化的角度推展閩南區域發展研究與文化研究，結合教師進修研習制度與碩士在職專班，將研究過程設計為教師研習課程，以培育金門在地種子教師，進而轉化為地方教材。二、推動兩岸學術交流與研究機制。三、培植高級學術研究人才。四、創造具國際觀、地方特色之基礎學習環境。落實在綜建實施方案當中，則有推動設立閩南區域暨金廈發展研究中心計畫，推動閩南區域發展研究暨種子教師培植計畫，擴大推動兩岸文教交流計畫，國立金門技術學院獨立設校計畫，整合學校資源暨推動地方社區學苑計畫，建立研究獎助制度計畫等。

台商子弟安心就學基地方面，發展策略包括：一、加強金門地區資訊、美語、才藝教育，提昇金門基礎教育品質並使之多元化。二、加強兩岸學校交流、短期營隊活動、藝文活動、締結姊妹校等，創造學生多元異質交流的學習環境。三、為台商子弟就學，初步選定二所小學做為重點學校，加強各項教育資源投入，並提供生活所需之住宿服務等。為實現該項目標，綜建實施方案當中編列了推動台商子弟來金就學之重點學校計畫，引進大陸美語及其他術科才藝專業師資計畫等。

在地方產業升級與轉型方面，台大提出了四項策略，包括：一、因應台閩產業活動，加強台商產業與閩東南市場調查，建立金門與閩東南台商間的分工網絡。二、協助企業以技術創新與市場通路掌握為競爭力主軸。三、協助企業建立產品區隔化策略，以維持金門產業在金門內需市場的佔有率。四、整備都市發展土地管理資料，以合理提供產業發展用地。落實在方案中則有台金閩市場暨產業分工調查分析計畫，地方產品研發及技術創新獎勵計畫，金門農特產品開發計畫，休閒農、漁、牧業計畫，獎勵投資開發制度研擬計畫，都市計畫地形現況實測計畫，都市計畫樁位測位測定計畫，金門地區數值相片基本圖測製計畫等。

資源互補的金廈生活圈方面，台大城鄉所提出了六項策略，包括：一、建立福建支援能源的管道，以突破金門自有能源不足的發展。二、建立金廈醫療支援制度，例如急重症空中救護直昇機後送廈門。三、與閩東南地區協調共同一致的空氣、海洋監測指標，以共同維護金門及閩東南地區之環境品質。四、研擬建立金廈治安聯防體系，包括治安議題的確認、兩岸合作內容、組織制度的安排、事務性協商等。五、設立大陸農產品展售中心，以規範動植物防疫檢疫及監測，確保金門地區環境安全。六、加強水資源保護與水污染防治。六大策略落實在綜建實施方案當中，則含括了產業、基礎建設、衛生醫療、環境保護、警政等部門。重要方案則有漳金輸電可行性評估，廈金輸水可行性評估，急重症空中救護直昇機後送計畫(含夜駐及後送廈門)，建立金廈醫療支援與分工制度，推動金廈環境指標共同監測計畫，建立金廈治安聯防體系可行性評估，設置大陸商品貿易及檢疫專區，因應兩岸通航加強食品抽驗計畫，金門地區污水下水道系統工程建設計畫，研擬集水區水源水質保護計畫等。

最後一項目標研擬支持性的制度方面，台大認為，再多的計畫、再好的規劃，沒有政策的支持也將無以為繼。因此在最後一項目標當中，希望透過兩項策略研擬支持性的政策，包括：一、建立金閩交流民間組織，由產、官、學界共同組成，推動與協商金門與大陸地區相關交流，並提出相關政策建議。二、檢討「離島建設條例」實施成效。綜建實施方案當中則有成立「金門海峽交流基金會」計畫、設立金門服務處於福建計畫、金門實施離島建設條例之檢討等方案，希望具體實現該項目標。