教育部於九十一年十一月七日依據離島建設條例第十七條第二項規定，公告「澎湖金門及馬祖地區學生保送高級中等以上學校辦法」，將自九十二年起實施，未來離島學生保送，將不受原核定學校招生員額限制。

為提昇離島地區教育文化，提供當地發展所需人力資源，於九十一年二月六日經立法院修正通過，並在九十一年十一月七日正式公告的「澎湖金門及馬祖地區學生保送高級中等以上學校辦法」，辦法條文內容為：

本辦法所稱澎湖、金門及馬祖地區(以下簡稱離島地區)，包括澎湖縣、金門縣(含烏坵鄉)與連江縣境內島嶼。臺東縣蘭嶼鄉、綠島鄉、屏東縣琉球鄉等本島離島地區準用之。

本辦法適用對象，指離島地區內國民中學及其附設補習學校、高級中等學校、五年制及二年制專科學校及其附設進修學校之應屆畢業學生。前項學生申請保送，應分別符合下列之規定：

一、申請保送高級中等學校或五年制專科學校者，應於離島地區完成九年國民義務教育，且設籍離島地區時間至少九年。二、申請保送大學校院者，應於離島地區接受十二年教育，且設籍離島地區時間至少十二年。申請保送設籍時間以戶籍謄本登記為準。

離島地區學生申請保送高級中等以上學校之類別如下：一、國民中學及附設補習學校應屆畢業生，以申請保送縣境內高級中等學校為限，或得申請保送五年制專科學校。二、高級中等學校、五年制及二年制專科學校及其附設進修學校應屆畢業生，得申請保送大學校院。

離島地區所屬縣政府為地方建設需要，應訂定各階段別、類(科)別人才培養保送計畫、保送名額，於每年八月三十一日前分別報請擬保送學校之該管教育行政機關核定。

離島地區學生合於本辦法及招生簡章規定者，由就讀學校彙整保送申請表、保證書、自願書、家長(或監護人)同意書、全戶戶籍謄本正本及歷年成績單等文件，於每年十二月三十一日前造具名冊，報請主管教育行政機關核轉各擬保送學校之主管教育行政機關。前項保送名冊，經該主管教育行政機關審查後，送請擬保送學校辦理甄試。

高級中等以上學校受理各離島地區學生申請保送事宜，應設立保送甄試委員會或納入招生委員會辦理，必要時得設立聯合保送甄試委員會辦理甄試作業。辦理招生作業時，應將甄試時間、地點、資格、錄取名額及類科別、成績計算標準、保送學生權利義務等事項明訂於招生簡章。

離島地區學生申請保送，經甄試未達錄取標準者，保送甄試委員會得不足額錄取；經公告錄取後，參加其他方式入學者，取消其甄試保送之資格。高級中等以上學校辦理本項保送，其招生名額採外加方式，不占各級主管教育行政機關原核定各校(系、科)招生名額。

依本辦法申請保送升學之離島地區學生，依學校規定註冊入學後，不得申請轉校(系、科)。但有特殊情況，報經原保送之地方政府同意者，不在此限。依本辦法申請保送升學之離島地區學生，經發現其有假冒戶籍或資格不符者，應撤銷其保送入學資格。九十一年十二月三十一日前符合原保送甄試規定辦理保送者，得適用原保送甄試規定。本辦法自中華民國九十二年一月一日施行。