目前行駛大、金離島固定的客、貨固定班輪有廿一艘，加上小三通大陸籍與縣籍的客輪有七艘，總計有廿八艘客貨輪，平日皆繫泊在水頭港區內僅有五船席，豈是一個「擠」字了得，金門港務處為維護港區秩序與航安，特訂定一配套作業措施，已業經縣府核定後並自即日起實施。

據金門港務處指出，為維護水頭港區秩序與航安，疏導航運、便利行駛及作業，特訂定「金門港水頭港區船舶作業規定」乙種，針對港區內小船註冊之艘數、停泊位置、行駛及作業有一配套措施，同時嚴禁未註冊之小船，不得擅自在港區行駛或作業。

由於目前水頭港區內僅有五船席，為因應廿八艘大小金及小三通客貨輪繫泊安全及作業，港務處表示，碼頭船席之調度，一本公開、公平、公正等原則，並依照船舶公司或船舶代理公司申請之時間，按照「先到先靠」、「一靠到底」原則辦理，當然特殊狀況不在此限。

水頭港區碼頭停泊之船席分配：

第一船席(浮動棧橋碼頭)：平日為大、小金門離島間固定班輪行駛泊靠作業使用。以及每週(二、五、日)實施小三通之需，航行船舶應遵照「金廈航線航班時課表」排定時間申請，應於力求精準，水頭港仍以固定班輪優先考量錯開指泊上下旅客為原則。

第二船席為臨時指泊作業(指大、小金門固定班輪上下旅客)：該船席係配合航經離島島域之遊憩船舶暨實施兩岸小三通行駛船舶之替代船席使用。嚴格禁止泊靠船舶裝卸貨物作業，違者依規定處理。第三船席平日為指泊滯港船舶泊靠使用區，若水頭港船席不敷使用

之際，經港務處令其移泊或疏散他處停泊，應即時遵行辦理。

第四船席為大、小金門離島間貨輪裝卸區域。

第五船席為大、小金門間民營快速艇泊靠船席區(含離島間往返旅客、海上遊憩旅客)。

有關船舶進出港區之申請及管制應注意事項，港務處指出，航行水頭港區之船舶，應於船舶到達港區二十四小時前，出港應於十二小時前，由船舶所有人或其代理人填具船舶進港或出港預報單，送港務處查核。其次，船舶進出港報告單，應於二十四小時內送港務處二份簽證，一份送岸巡安檢所查核。

至於，船舶應在港務處指定之地點裝卸貨物或上下船員與旅客；未經註冊之小船，不得擅自在港區內行駛或作業，不過，若遇有緊急事故，應通報港務處並經許可者，不在此限。停泊非作業之船舶，港務處認為妨礙船席調度或港區安全時，得指定地點令其移泊或疏散他處停泊，如不遵辦，得逕行移泊。港務處強調，船舶在商港區域內應緩輪慢行，並不得於狹窄之航道追越他船或妨礙他船航行，更嚴禁搶先泊靠碼頭情事，違者嚴辦。而船舶未經港務處許可，擅自航進泊靠者，得依「商港法」第二十條規定逕行移泊，所需費用由船舶所有人負擔。