肇因於歷史及其他各項因素，地區有為數不少的違章建築，不但影響市容，更可能造成公共安全的潛在威脅，為了妥善處理違建問題，縣府研訂了「新舊違章建築劃分及處理自治條例」，並經縣議會第三屆第三次定期大會三讀通過，完成法制程序。該條文共十五條，提醒民眾特別注意。該自治條例內容如下：

第一條─金門縣政府(以下簡稱本府)為妥善處理違章建築(以下簡稱違建)，以維護公共安全、公共交通及市容觀瞻，特制定本自治條例。

本自治條例未規定者，適用其他法令之規定。

第二條─本縣新舊違章建築之定義如下：

一、舊違建：民國九十二年本縣全面普查拍照建檔有案之既存違建。

二、新違建：民國九十二年本縣全面普查拍照建檔之後新產生之違建。

未經普查拍照之違建，如所有人能檢附下列證件之一，證明於民國九十二年普查拍照以前所有者，以舊違建論。

一、戶口遷入或門牌編訂證明。

二、民國九十二年以前原始設立稅籍之完納稅捐證明。

三、四鄰或村里長證明。

四、繳納自來水費、電費收據或證明。

第三條─為辦理本縣違建之認定及排定拆除順序，本府設置違章建築認定處理小組(以下簡稱處理小組)，由縣長為召集人、工務局長為副召集人，以下列人員為委員：一、本府工務局業務主管三人。二、本縣地政局代表一人。三、本府法制單位代表一人。四、土木或結構技師公會代表一人。五、建築師公會代表一人。六、該轄區鄉鎮公所代表一人。

前項處理小組另設幹事一人，由本府工務局派兼之。

本府處理小組為認定及處理違章建築，得派員攜帶證明文件，進入公私有土地或建築物內勘查。

第四條─經處理小組評定為危害公共安全之舊有違建，列為第一期處理計畫，並由處理小組依「金門縣舊有違章建築違規程度評分表」評分排序拆除。

前項所稱危害公共安全之認定基準及「金門縣舊有違章建築違規程度評分表」由本府另訂之。

第五條─經處理小組評定無危害公共安全之舊有違建，其現況作為八大行業經營使用者，列為第二期處理計畫，並由處理小組依「金門縣舊有違章建築違規程度評分表」評分排序拆除。

第六條─舊有違章建築非屬第一、二期處理計畫者，列入第三期處理計畫。

第七條─公有違建無危害公共安全者，仍應於九十五年十二月三十一日前自行清理(拆除或補辦合法手續)完成。

新建公有建築物於請領使用執照時，其基地內之舊違建，在未屆前項自行清理期限前，且經建築師或專業技師出具結構安全證明書及無危害公共安全證明書者，得檢具平面圖、立面圖(比例尺不得小於百分之一，註明尺寸、高度面積及構造)及位置圖，送本府工務局列管，暫免予併案拆除。

第八條─下列情形之違章建築由本府工務局辦理專案拆除，不受分期處理計畫之限制：

一、佔用公有土地之違建。

二、都市計畫書圖規定應以區段徵收或整體開發方式辦理地區之違建。

三、因妨害公共交通、環境衛生，經處理小組評分認定應先行辦理拆除之舊有違建。

第九條─舊有合法建築物補領使用執照或建築物辦理變更使用執照時，其基地內舊有違建未屆處理計畫拆除期限且經建築師或專業技師出具結構安全證明書及無危害公共安全證明書者，得免予併案拆除。

第十條─舊違建未屆處理計畫拆除期限前准依第十一條規定申請修繕，但不得新建、增建、改建或修建。

舊有違建因天然災害或火災全毀者，不得重建；半毀者，得檢附當地村里長出具之證明書，依第十一條規定申請修繕。

第十一條─舊違建申請修繕時，應檢具下列書圖：一、申請書(附切結書)及房屋照片。二、平面圖、立面圖(比例尺不得小於百分之一，註明尺寸高度)及位置圖，並註明構造及面積。三、經建築師或專業技師出具結構安全證明書及無危害公共安全證明書者。

第十二條─舊違建之修繕，應經本府工務局核發修繕證明後始得動工。

前項修繕證明有效期限為三個月，逾期失效。但有正當理由經核准者，得延長二個月。

第十三條─違反第十條至第十二條規定而為修繕(復)者，視為新違建處理之。

第十四條─新違建應依相關法令採行以下措施：一、勒令停工處分。二、於申請補照時依建築法第八十六條處以罰鍰。三、施工中違建由鄉(鎮)公所會同本府工務局進行查報及認定作業。四、原則上，新違建應於三天內查報，並應於拆除通知後一週內拆除完成。五、依都市計畫法第七十九條、第八十條規定查處。六、依建築法第七十七條及第九十一條查處。

新違建之查處由本府另訂獎懲要點。

第十五條─本自治條例自公布日施行。