此次總統大選廢票比例創歷史新高，金門縣也開出了一千零六十九張「無效票」，廢票比例在全國二十五縣市當中高居第二，兼縣選委會總幹事的李增財表示，主要原因可能是「有效票」、「無效票」認定標準嚴格，再加上公投與總統大選的認定標準不一，各界質疑實在所難免。

根據中央選委會最終公布的總統大選結果，扁呂與連宋之間僅有二萬九千五百一十八票的些微差距，兩陣營得票比率只有百分之零點二二三的差距。相較之下，此次大選共開出三十三萬七千二百九十七張「無效票」，廢票比例高達百分之二點五五，竟然比兩陣營的票數差距還多出十倍。就金門縣而言，此次大選共開出一千零六十九張廢票，在全國二十五縣市當中也高居第二。廢票比率最高的雲林縣則開出百分之三點九九的「無效票」。

兼任縣選委會總幹事的縣府建設局長李增財表示，此次廢票比率偏高，主要原因可能是「有效票」、「無效票」認定標準嚴格所致。他表示，立院去年十月底通過總統副總統選舉罷免法修正案，中選會隨後並公布「總統副總統選舉選舉票有效與無效之認定圖例」，其中規定只要圈選戳記沒有蓋在「圈選欄」內，通通算「無效票」。而公民投票則比照「公職人員選舉選舉票有效與無效之認定圖例」，不侷限必須將戳記蓋在「圈選欄」內，也能算「有效票」。

李增財表示，由於此次採「二合一」選舉，兩者之間又各採不同認定標準，選務人員會不會在開票時忙中有錯，或各縣市認定標準寬鬆不一，種種狀況都有發生的可能，各界的質疑當然在所難免。

此次大選中選會從「一次領票」到「分階段領票」，以及投錯票匭從「有效票」改為「無效票」，決策過程一變再變，公信力一路下滑，再回顧三、四個月前決定嚴格認定總統大選的有效、無效票，以及公投另採較寬鬆之標準，卻又疏於向民眾宣導解說，開出如此高比例的廢票，已在我國的民主發展史上留下一筆。