經縣府及縣籍立委吳成典的極力爭取，財政部已同意將金門水頭及馬祖福澳兩港視為「國際商港」的延伸，同意設置免稅商店，並修正公布「免稅商店設置管理辦法」。縣府特別轉頒該項辦法，並提醒有意申請設置的業者，可依據該辦法向海關辦理登記。

該項修正後的「免稅商店設置管理辦法」共有三十六條，全文如下：

第一章｜總則

第一條｜本辦法依關稅法第五十五條第四項規定訂定之。

第二條｜免稅商店之設置及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。

第三條｜免稅商店分下列二種：一、機場、港口免稅商店設在國際機場、港口管制區內；經海關核准者，並得在市區內設置預售中心。

二、市區免稅商店設在國際機場或港口鄰近之都市區內，或經海關核准之區域內。

第四條｜機場、港口免稅商店，以對持有護照或旅行證件之出境或入境旅客銷貨為限。免稅商店之市區預售中心及市區免稅商店，以對持有護照或旅行證件之出境旅客銷貨為限。

第五條｜機場、港口免稅商店之市區預售中心及市區免稅商店出售之貨物，由購貨人於出境時，向機場或港口提貨處提貨，監管海關得隨時派員查核。

第六條｜免稅商店得出售外國商品及保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、加工出口區、科學工業園區及課稅區之產品，並應公開標價，不得二價。

第七條｜機場、港口免稅商店收取貨款，應以外幣為原則。但得在每人不超過中央銀行公告之攜帶新臺幣出入台灣地區限額內，兼收新臺幣。機場、港口免稅商站之市區預售中心及市區免稅商店之銷貨，不得收受外幣。

第八條｜免稅商店銷售貨物予出境或過境旅客，其免稅範圍依下列規定辦理：一、關稅部分：依關稅法第五十五條第二項規定，免徵關稅。二、貨物稅部分：依貨物稅條例第三條第一項第二款規定，免徵貨物稅。三、菸酒稅部分：依菸酒稅法第五條第二款規定，免徵菸酒稅。四、營業稅部分：依加值型及非加值型營業稅法第七條第三款規定，其稅率為零。免稅商店銷售貨物予入境旅客，視同自國外採購攜帶入境，俟入境通關時，依入境旅客攜帶行李物品報驗稅辦法辦理，如超過免稅限額，除課徵關稅外，應依法代徵貨物稅、菸酒稅及營業稅。

第二章｜設置

第九條｜申請核准登記為免稅商店者，應具有下列條件，並向所在地關稅局提出申請。一、依公司法登記設立之股份有限公司，實收資本額在新臺幣一億元以上。但經財政部核准者，不在此限。二、專營銷售觀光旅客商品。三、具有以電腦處理帳貨之設備及能力。海關得視免稅商店管理之需要，依實際情形，於免稅商店設置時或設置後，要求免稅商店設置符合管理需要之電腦設備，以處理業務，並應於海關規定之期限內與海關完成電腦連線作業。其作業規定，由海關定之。

第十條｜申請設置免稅商店者，應檢具下列文件，向所在地關稅局申請核准登記：一、申請書：應載明公司名稱、營利事業統一編號、所在地、負責人姓名、地址、身分證號碼、電話號碼及免稅商店位置圖。二、公司登記證明書及營利事業登記證，及其影本各一份。三、免稅商店建築物之使用權證件及其影本。四、機場、港口免稅商店並應檢附機場或港口主管機關核准文件及其影本。五、機場、港口免稅商店之市區預售中心及市區免稅商店應於機場或港口出境管制區內設置提貨處，並應檢附機場或港口主管機關之核准文件。

第十一條｜經核准登記之免稅商店，由海關發給執照，以憑開業。該項執照有效期間三年，得申請延期三年。期滿後仍須繼續登記為免稅商店者，應於期限屆滿前二個月，檢具第十條規定之文件申請，由海關重新審核發照。免稅商店之名稱、所在地、負責人、營業項目如有變更，應於辦妥變更登記之翌日起十五日內，檢送有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。惟所在地變更，應於變更前先報請監管海關核准。

第十二條｜經核准設置之免稅商店，其執照之核發及遺失補發，依海關徵收規費規則，徵收規費。

第十三條｜經核准設置之免稅商店，如需停業者，應於一個月前報請監管海關核備。

第三章｜管理

第十四條｜機場、港口免稅商店所僱用之人員進出機場、港口管制區，應遵守有關國際機場、港口安全秩序維護之規定。

第十五條｜免稅商店應指定專人代表免稅商店辦理有關保稅事項，並報經監管海關核備。

第十六條｜免稅商店之保稅貨物應存儲於專用保稅倉庫，具進儲及出倉手續，依本辦法之規定辦理。

第十七條｜免稅商店依本辦法自行設計印製之有關憑證報表及依商業會計法應設置之各項會計簿籍，應以電腦處理，並採永續盤存制存貨制度，逐日逐筆詳細即時建檔登載進、銷貨有關資料，以備海關及主管稽徵機關稽查。前項進、銷貨有關資料，應按月印製代替簿籍之報表，於次月十五日前報經監管海關核備。

第十八條｜免稅商店展售之貨物，其通關進儲手續如下：一、免稅商店進口外貨，應繕具「外貨進儲保稅倉庫申請書」及「保稅貨物進儲免稅商店准單」，並檢附提貨單、發票、裝箱單等文件，向海關辦理報關，發給准單後，由關員會同核對標記、嘜頭、件數無訛，監視加封或押運進儲，並依規定登入進貨冊。二、免稅商店向保稅工廠購買加工產品，除產品單位用料清表之申報及留樣事項依海關管理保稅工廠辨法有關規定辦理外，應由買賣雙方聯名繕具報單及「保稅貨物進儲免稅商店准單」，並檢附發票、裝箱單等有關文件，向免稅商店監管海關辦理報關，發給准單後，依第一款後段規定辦理有關手續。三、免稅商店向科學工業園區園區事業或加工出口區區內事業購買加工產品，應由買賣雙方聯名繕具報單及「保稅貨物進儲免稅商店准單」，檢附發票、裝箱單及區內主管機關核准文件，向駐區海關辦理報關，由駐區關員監視裝入保稅卡車加封交運並發給准單，連同報單副本二聯，隨貨封送免稅商店，依第一款後段規定辦理有關手續。四、免稅商店自保稅倉庫購買貨物時，應由買賣雙方聯名繕具報單及「保稅貨物進儲免稅商店准單」，檢附發票、裝箱單等有關文件，向倉庫監管海關辦理報關，發給准單後，依第一款後段規定辦理有關手續。五、免稅商店白物流中心購買貨物時，應由買賣雙方聯名繕具報單及「保稅貨物進儲免稅商店准單」，檢附發票、裝箱單等有關文件，向物流中心監管海關辦理報關，發給准單後，依第一款後段規定辦理有關手續。六、免稅商店自課稅區廠商購買加工外銷產品，應由買賣雙方聯名繕具報單及「外銷廠商加工外銷品進儲免稅商店准單」，檢附發票、裝箱單等有關文件，向免稅商店監管海關辦理報關，發給准單後，依第一款後段規定辦理有關手續。監管海關應於放行或收到申請書之翌日起十日內核發視同出口報單副本，交國內廠商憑以辦理沖退稅。