金門國家公園管理處在一項委託國立海洋生物博物館所做的魚類相調查研究中顯示，吳郭魚為目前已廣泛分佈於金門各水域的外來種，可能威脅到原生魚種的生存；而屬於保育類的蓋斑鬥魚等，在金門地區的數量及分佈範圍都頗為侷限，並且有減少的趨勢，因此有必要進行棲地改善或人工復育研究工作的推行，讓金門的原生魚類能夠永續生存下去。

國立海洋生物博物館受金門國家公園管理處委託，進行了金門國家公園魚類相調查研究。國立海洋生物博物館指出，金門之地理位置在九龍江口，其河川魚種組成，在拓遷入台灣水系之機制上，特殊的台灣北區地理生物學的比較研究領域裡，具有實值的學術意義。另一方面，建立國家公園內之魚類相及其生態現況之最基礎資訊，將對於物種或族群在此島上種化或分化之學術探討上，有進一步之具體貢獻。

國立海洋生物博物館並指出，本項調查係以各種網具及電捕等方法，利用每月一次調查採集全島各地之河川池沼，並記錄水體的基本環境因子。本調查共計有十二個水系三十八個測站，共採獲淡水及河口魚類二十五科三十九屬四十七種，其中純淡水魚有八科十三屬十三種。調查結果並與已往的報告文獻做比較，純淡水魚中新記錄了羅漢魚、吳郭魚及斑鱧等三種魚類，其中吳郭魚為目前已廣泛分佈於各水域的外來種，可能威脅到原生魚種的生存。

而報告中並新記錄到一種中國地區新記錄種左拉鯔(魚蝦)虎，在台灣已滅絕的大鱗細(魚扁)及屬於保育類的蓋斑鬥魚在本次調查中亦有記錄。而上述魚種在金門地區的數量及分佈範圍都頗為侷限，並且有減少的趨勢。因此有必要進行棲地改善或人工復育研究工作的推行，讓金門的原生魚類能夠永續生存下去。

國立海洋生物博物館指出，金門以金門、烈嶼、大膽、二膽、猛虎嶼等島嶼為一縣，總面積約為一百五十二平方公里，西距廈門外港約十公里，東距台灣約二百七十七公里，地扼九龍江出海口，屬於大陸邊緣區的島嶼體系。而就其特殊的地理位置而言，正可與台灣島上的生物區系作明顯之對照，並可能留下冰期擴遷至台灣的路徑上，留下部分種類生存之軌跡，因此有其比較台灣與大陸邊區之生物地理比較之重要性。在金門國家公園成立以來，已積極從事島上生物相及生態學之具體研究計劃，包括有濱海潮間帶動物相、鳥類相及生態、哺乳類、昆蟲相、兩棲爬蟲類等類群，以及原生植物資源之調查研究等。

然而金門島上的湖泊、野塘及小溪流遍佈，水資源較澎湖豐沛許多。對於其島上水體之原生魚類相及生態特性，除了水試所曾有海域經濟性魚類資源或繁養殖研究外，卻無任何較有系統之調查研究，因此實有必要作一全面性的溪河及湖沼魚類相調查，以確立金門地區魚類相之特性，不僅能成為日後金門島之溪湖沼魚類生態及環境生物學研究之最信實之資訊，並可依保育措施之規劃，擬出對現今魚類生態之保育對策。

國立海洋生物博物館表示，金門之地理位置在九龍江口，以往由於戰地管制而缺乏機會針對其原生魚類相能做有系統之探討。因此，其河川魚種組成，關係到在拓遷入台灣水系之機制上，特殊的台灣北區地理生物學的比較研究領域裡，具有實值的學術意義。加上島嶼的隔離效應下，魚種分佈現況之徹底調查與生態因子之瞭解，除建立國家公園內之魚類相及其生態現況之最基礎資訊外，將可為物種或族群在此島上種化或分化之學術探討上，有進一步之具體貢獻。

國立海洋生物博物館指出，這項調查的研究方法，並從金門島上魚類相關文獻資料加以收集及整理。而調查過程，以金門島上主要湖塘、小溪，包括：古崗湖、慈湖、蘭湖、前埔溪、金沙溪等水體的魚類相及其群聚組成之調查研究。至於魚類調查及採集方法，目前包括有流刺網、圍網、手操網等網具採集及電捕法等各類型採集方式。而流刺網適用於較寬且深的水渠及水塘湖泊，如金沙溪中游、古崗湖及慈湖等。圍網則適用於沙泥底質湖泊如古崗湖、蘭湖及慈湖。而本調查所使用的為小網目，以兩人手拖作業，能夠有效採得水域中的底棲小型魚類。至於手操網適用於水流細小溝渠中的小型魚類，或是輔助電捕法一起使用。

由於金門地區的水域溪流一般流量不大，因此電捕法是本調查中較適合的採樣方法，使用弱電流讓魚昏厥後再以手操網撈起。本調查除了必要的證據標本之外，其他捕獲的魚類都在測量體長記錄後釋放回原來的水域。而金門島上各主要水體之基本環境因子調查，包括：水溫、PH值、透明度、鹽度、水深及底質組成。各測站的水文及底質觀察測量地點是以捕魚的作業地點為主。

針對這項調查，國立海洋生物博物館也向金門國家公園提出多點建議，包括：一、金門地區重要魚種保育重點的規劃，最具特色的是目前已發現台灣已滅絕的魚種大鱗細(魚扁)的分佈，因此本種族群在金門之保育，將對已絕種之台灣淡水魚後續復育工作規劃上極為重要。二、台灣保育類魚種蓋斑鬥魚及中國地區新記錄的稀有種｜左拉鯔(魚蝦)虎。前者的分佈記錄及數量根據金門當地民眾描述已大為減少，因此有必要進一步再做保育的規劃。後者在本調查中僅在前埔水系有發現記錄，並且在後來的調查中因為棲地的改變而未再發現，因此亦有必要針對其習性找尋類似的棲地來加以保育。三、在本次調查中，即經歷金沙水系學明橋測站及前埔溪中游地區的大型工程，造成原棲地極大的改變，魚種組成亦有明顯減少。因此未來對於河川水域的工程必需加以慎重地進行環境影響評估。四、本調查記錄到兩種外來魚種(吳郭魚及大肚魚)，皆已廣泛分佈在金門各淡水水域，尤其是吳郭魚和原生的鯽魚及大鱗細(魚扁)的生態區位有所重疊，競爭結果可能造成原生族群的絕滅，對此，相關單位必需加以重視。