金門自開放以來，環境面臨劇烈且快速的改變，這些改變對於金門地區生物資源的影響如何，需要監測加以確認。

由金門國家公園管理處委託中華民國國家公園學會所作的一項金門哺乳動物相調查研究，即建議相關單位應持續監測有無外來種哺乳動物入侵、持續監測水獺族群變化、設立標誌與地下通道以減少野生動物因車禍死傷、持續監測陸棲小獸類族群變動、持續調查金門蝙蝠相，以及探討施工對於水獺與其他水生生物族群的影響。

受金門國家公園管理處委託研究的中華民國國家公園學會指出，金門哺乳動物相調查研究的目的，包括複查金門地區陸域哺乳動物之種類與分布狀況，同時針對一些在分類上有爭議之種類與其遺傳變異進行分析，並加強翼手目動物的調查，以為日後深入研究及金門哺乳動物保育與管理工作的基礎。

中華民國國家公園學會並指出，本計畫於九十二年四至十一月的調查共記錄到哺乳類三目四科八種，其中小黃腹鼠與臺灣地區的種類在外型與遺傳上均有所差異，東亞家蝠與台灣本島的東亞家蝠差異不大，松鼠則確定為赤腹松鼠；而於奎閣紀錄到疑似高頭蝠的個體，需要進一步遺傳分析以確認種類。此外，本計畫亦分析一九九三年拾獲，遺傳組成與高頭蝠不同，可能為大黃蝠的個體。而整合金門地區過去之調查研究文獻與本計畫之結果，共記錄到四目六科十一屬十五種哺乳動物。

在陸棲小獸類捕捉調查方面，在四個地點九個樹林類型棲地樣區中所捕獲的種類，以錢鼠和小黃腹鼠數量最多，與先前於農耕地捕獲的種類組成相似，顯示金門地區陸棲性小獸類組成以上述二物種為優勢。

蝙蝠共記錄到三種，其中摺翅蝠和大黃蝠出現的樣點不多，東亞家蝠則是分佈較為普遍的種類。水獺排遺在前埔溪、金沙溪、慈湖、古崗湖出現相當頻繁，與近年來的調查結果相似，不過有些地區則在施工後不再見到水獺排遺，如蘭湖和白龍潭。初步遺傳分析共辨識出二十二隻水獺個體，連同九十年調查之結果，在金門共辨識出六十隻個體。

而金門地區的陸棲小獸類以小黃腹鼠與錢鼠數量最多，分布最為普遍，目前防檢疫單位有持續之捕捉監測計畫可反映當地陸棲小獸類的族群變化。蝙蝠由於調查不易，除在特定地點監測外，其餘種類需要長期資料的累積。水獺則可以持續追蹤其在各個調查樣點出沒的狀況，以監測其分布與相對數量的變動與各類干擾的影響。

中華民國國家公園學會指出，由於金門縣誌並未記載有松鼠，因此金門的松鼠懷疑為自大陸沿岸引進之外來物種，其外型類似臺灣的赤腹松鼠，不過腹部毛色偏黃。而經本計畫利用序列分析中山紀念林內所捕獲之松鼠，確認該樣本與臺灣的赤腹松鼠相近。不過如果有機會取得大陸地區赤腹松鼠的樣本進行比對，或可確定金門的赤腹松鼠可能是由何區域所引進的。而綜合過去文獻，加上本調查新紀錄到的大黃蝠、疑似高頭蝠，金門地區之陸域哺乳動物種類共有四目六科十一屬十五種，其中以囓齒目所佔的種數最多(七種)，蝙蝠的種類也有六種，食蟲目和食肉目則各有一種。

中華民國國家公園學會也指出，比較金門各區域水獺排遺的分布狀態，以金門東部從田墩養殖場、榮湖、金沙溪至前埔溪、田埔水庫一帶的數量最多，西北部雙鯉湖、慈湖和西南部古崗湖有些數量，金門中部最少，僅於瓊林水庫見到一舊排遺。金門東部區域在調查的三個月份中，均可收集到相當數量的排遺，代表水獺應該會相當頻繁地使用該區域；雙鯉湖、慈湖和古崗湖也是水獺較頻繁使用的地方。

針對金門哺乳動物相調查研究，中華民國國家公園學會並提出多項建議，包括：建議一「持續監測有無外來種哺乳動物入侵」。由於金門與大陸位置相當接近，且兩岸交流日益頻繁，因此未來可能會有新的物種，如現在已經廣泛分布的松鼠一般，被有意或無意的引進。目前松鼠雖未在金門造成明顯的危害，但其他外來物種的可能影響不可不防。因此金門國家公園管理處可根據本計畫所列哺乳動物名錄與其他單位，如動植物檢疫局合作，持續監測是否有新的哺乳動物出現，並加以確認是否可能為尚未被發現的原生種，或是有可能成為入侵種的外來種。如為後者，則應立即加以處理。

建議二「持續監測水獺族群變化」。水獺是金門地區水域環境狀況的重要指標，國家公園可依本計畫所選定的樣點持續對水獺在這些地點出沒的狀況進行長期的監測，以了解金門地區水獺分布與相對數量的變化。另外，本計畫檢視金門不同地區水獺的遺傳交流不大，顯示金門各地的水獺可能自成一個交流的單位，造成此現象之成因，以及在經營管理上可能的影響，都值得進一步分析探討。

建議三「設立標誌與地下通道以減少野生動物因車禍死傷」。金門地區陸續發生過數起車輛撞死或撞傷水獺與其他野生動物的事件，建議相關單位可在過去水獺與其他野生動物較易出沒而發生車禍死傷的主要道路路段，如陽明湖附近，設立警告標誌，提醒駕駛人減速，或考慮設置適當之地下通道以減少對可能穿越馬路的水獺與其他野生動物的傷害。

建議四「持續監測陸棲小獸類族群變動」。陸棲小獸類常是一些傳染疫病的寄主或是會危害農作與器物，因此對其族群密度的變動需加以監測，或控制其數量以防範疫病或危害的發生。雖然本計畫在樹林棲地捕捉到陸棲小獸類的捕獲率較高，但其數量變動的趨勢與動植物防疫局的監測資料大致相符，未來該局持續捕捉監測的資料應可用以反映金門地區地棲性小獸類的族群變動。

建議五「持續調查金門蝙蝠相」。蝙蝠晝伏夜出，又可利用回聲偵測環境中的障礙物，不易在短期內調查出所有的種類。因此有關其種類、分布與數量的資料需要長期的累積。金門國家公園管理處一方面可持續監測已知蝙蝠固定棲息之棲所，如九宮坑道與奎閣等，以追蹤其族群變動。另外，可宣導民眾在發現蝙蝠的蹤跡或拾獲蝙蝠後迅速通報，並提供蝙蝠出現地點與其他相關資訊，以利後續的調查、追蹤，逐步充實金門地區蝙蝠相的基礎資料。

建議六「探討施工對於水獺與其他水生生物族群的影響」。由於金門部分地區常有工程進行，對金門各類動植物與自然環境造成輕重不同的影響。然而對於不同的施工所造成影響的程度與不可恢復性，仍然缺乏有效的評估。管理單位未來可考慮與施工單位協商，選擇一些可能進行施工的地點，進行施工前、中、後期的調查監測，以了解不同施工方法、時間長短等，對於包括水獺在內的動植物資源與自然環境的影響，以做為評估與減輕工程衝擊因應措施的參考。