總統大選，中國國民黨馬英九和蕭萬長在地區囊括逾九成五的超高得票率，民眾普遍認為，這次係一對一選舉，藍營也只有一組候選人，加上鄉親對民進黨執政後，小三通政策限制過多、經濟不振，頗多怨言，因此，馬英九和蕭萬長在色彩深藍的金門獲高票並不讓人意外。

馬蕭聯手在金門拿到三萬三千三百八十四票，比民進黨謝長廷和蘇貞昌的一千七百一十票，高出三萬一千六百七十四票，一則顯示金門仍是國民黨鐵票區，再則凸顯出民進黨的金馬政策不被地方民眾接受。

小三通自2001年元旦啟動，在部隊逐漸減少、地區失去經濟主要後盾後，鄉親原本寄予厚望，但執政的民進黨小三通政策，與鄉親期待進一步開放有落差，鄉親受益有限，因此，民眾屢以小三通「通三小」譏諷，加上陳水扁競選總統開出的支票，如設立免稅特區、特別行政區、興建金烈跨海大橋等，一一跳票，民眾的不滿自然反映在選票上。

八年前陳水扁競選總統在金門拿到七百五十九票，四年後因有執政優勢成長為一千七百零一票，這次在金門選舉人數大增下，謝長廷蘇貞昌只獲得一千七百一十票，只比四年前的陳水扁、呂秀蓮多九票。

但是，相較於今年初本屆立委選舉，民進黨政黨得票九百九十七票(有效票數為二萬五千九百七十九票)，得票率只有百分之三點八四，短短二個月，這次謝長廷蘇貞昌得票增為一千七百一十票，得票率也已增加為百分之四點八七，已算是不錯的成績，謝蘇大敗，係非戰之罪，只能怪民進黨執政成績真的讓人民太失望了。