文昌魚造型奇特、短小的體型讓許多民眾視為普通魚苗。（董森堡攝）

　水產養殖大作戰、搶救史前活化石！金門地區除了史前活化石「鱟」之外，另外還有列入中國大陸二級保護動物的「文昌魚」，這種似魚非魚的特殊物種存活在金門少數海域，近來水試所已積極展開人工培育繁殖工作，期望能搶救這種珍稀且具研究價值的海洋生物。
　文昌魚為僅存的脊索動物門的頭索動物亞門動物，在寒武紀地層中就存活在地球海洋，經過數千萬年的演變，外觀型態並無明顯的變化，因此與鱟齊名，有史前化石的美稱。
　根據金門國家公園管理處的委託調查，在金門西側與南側海域的料羅灣、金烈水道與小金門周遭海域進行三十四處測站採集作業，結果只在三個底質為中等佳到尚佳的粗砂環境測站發現文昌魚，其種類分別是白氏文昌魚與日本文昌魚，這二個類別的文昌魚，其吻鰭、前臀鰭腔室、尾鰭形態不同，體長三到五公分，成魚長五公分，壽命僅有二年而已。
　文昌魚是生物演化研究關鍵物種，其脊索特徵揭發了脊椎動物的起源，因此文昌魚極具研究價值。但可惜的是，中國大陸在海洋環境嚴重破壞的狀況下，文昌魚棲地及數量驟減，因此中國大陸已將文昌魚列為國家二級保護動物。反觀金門地區在長期戰地政務的保護下，海洋環境較佳、調查後發現還有野生文昌魚倖存其中。
金門水試所有鑑於近年來地區海域遭大陸漁民非法濫捕，抽取海砂及沿岸開發造更嚴重衝擊文昌魚生存環境與棲地，目前已積極著手人工養殖育苗作業，未來將視繁殖成果進行流放，豐富地區海洋生態。