關於地區調整水費之議，縣府工務處於日前指出，因水費調整涉及全國一致性，且一般以為，只有在「水價低廉」成為社會普遍之共識後，才是推行水價調整政策可能遭遇阻礙為最小的時機，準此，要調整地區水費，除了要從長計議外，最重要的還是要先著力於向水利署爭取對地下水權的掌控，例如地下水權的開發利用、徵收水費的規範授權地方訂定等。
但依水利法之規定，水權費徵收之費率原本就應由中央主管機關訂定並公告之，儘管縣府於100年11月曾函文經濟部水利署請該署同意授權地方政府訂定，惟該署回覆將修正水利法，所以並未同意授權。另縣府去年4月也曾洽水利署，據該署承辦表示，經評估，地下水水權費徵收推行不易，主要乃因台灣地區地下水用水量70%為農業用水，申請者為農田水利會，使用者為農民，且農田水利會目前未向使用者收取會費，而用水量20%為公共及家庭用水，申請者為自來水公司，使用者為民眾，因用水量90%之申請者與使用者不同，致收費不易，職是之故，水利署也暫不推動水權費之徵收，而有關授權縣市政府訂定乙節，因水利法明文規定須由中央主管機關訂定，故不得授權地方訂定，且未納入水利法急迫修正條文草案中。
再者，水價為政府介入水資源管理之重要政策工具，透過邊際成本定價方式，以價格機能形塑節約用水誘因，才能達成「強化水資源使用效率」之政策目的；其次，合理水價調整政策內容應考量反映成本、合理收益、公平負擔、保障民生、提升效率及節約用水六大原則，依用水戶與用水量統計分布為依據，設計以「家庭民生正常需水量水費不調整、增列水價級距並拉大累進費率價差」為方向之水價調整政策方案。
為形塑重視社會公平、水資源分配之合理性及合理調整水價之氛圍，金門水廠日前也特別針對水價用水級數及分級收費制度等方面審慎評估，惟水費調漲涉及民生與產業發展等複雜層面及議題，後續擬由水廠提擬相關方案後，向縣長專案報告後再邀集地方及中央主管等相關單位召開會議研商，俾利政策推動。
工務處也指出，目前雖無法徵收水權費，達到以價制量之目標，但縣府仍將持續辦理地下水管理及進行地區水資源開發及替代水源之推動，以保育地下水資源。