房地合一課徵所得稅制度自105年1月1日起實施，土地交易所得不再適用所得稅法第4條第1項16款免納所得稅規定，為落實居住正義，所得稅法部分條文修正，將自今（110）年7月1日起施行。
該局特別彙整有關境內營利事業出售房地交易課徵房地合一所得稅新舊三種制度之差異：
一、舊制，105年1月1日前取得之房屋，持有期間稅率一律20%，課徵方式採合併計稅、合併報繳。
二、所得稅法修正前（房地合一稅1.0），110年6月30日以前出售之房屋土地，持有期間稅率一律20%，課徵方式採合併計稅、合併報繳。
三、所得稅法修正後（房地合一稅2.0），110年7月1日以後出售之房屋、土地、房屋使用權、預售屋及其坐落基地、持股（或出資額）過半數營利事業的股份（或出資額），且該營利事業的股權（或出資額）價值50%以上是由我國境內房地構成（排除屬上市、上櫃及興櫃公司的股票交易），持有期間在二年以內者，稅率45%；超過二年未逾五年者，稅率35%；超過五年，或是有(1)財政部公告之非自願性因素，(2)以自有土地與建商合建分回房地後交易，(3)參與都更或危老重建取得房地後第一次移轉，(4)營利事業興建房屋完成後第一次移轉情形者，稅率20%。課徵方式原則採分開計稅、合併報繳；例外則採合併計稅、合併報繳方式。如營利事業交易其興建房屋完成後第一次移轉之房屋及其坐落基地之所得或損失，則採例外課徵方式。
該局說明，營利事業出售屬房地合一稅2.0之房地，依所得稅法第24條之5第1項規定，以其出售房地交易之收入減除相關成本、費用或損失後之餘額為所得額，再減除土地漲價總數額後，按適用稅率分開計稅合併報繳。惟得減除之土地漲價總數額以交易當年度公告土地現值減除前次移轉現值所計算之土地漲價總數額為限，超過部分不得減除；其屬超過部分土地漲價總數額計算繳納之土地增值稅，得以費用列支。若出售屬房地合一稅1.0之房地，所繳納之土地增值稅依行為時所得稅法第24條之5第2項但書規定，不得列為成本費用，亦不得於收入項下減除。
該局進一步說明，鑒於獨資、合夥組織營利事業之房地，其登記所有權人為個人，與具獨立法人格之營利事業得為所有權之登記主體有別，故獨資、合夥組織營利事業交易房地之所得，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14之4至第14條之7規定申報及課徵個人所得稅，不計入獨資、合夥組織營利事業之所得額。
營利事業如仍有不明瞭之處，可至該局網站（網址https://www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令或利用免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。