大三通啟動後，經濟部國貿局計開放了八、五九九項大陸貨品進口，在本島二、二一五項未開放的貨品中，小三通有九九二項列為開放項目。亦即當前小三通之於大陸貨品的利基，便在這九九二項的差異上；但各位不知道的是，目前經公告核准的大陸物品可以直接輸台，並一體流通台澎金馬，但是經金門合法進口完稅的大陸貨品，依照《試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法》第二十五條的規定，卻僅得在金門流通，此是否為行政及法令上的悖理與謬誤？
或許我們先來理解一下小三通的由來吧。八十九年三月二十一日於立法院通過《離島建設條例》第十八條，明訂「為促進離島發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航，台灣地區人民經許可後得憑相關入出境證件，經查驗後由試辦地區進入大陸地區，或由大陸地區進入試辦地區，不受台灣地區與大陸地區人民關係條例等法令限制。」以解決兩岸人民關係條例的限制，提供法源。同年十二月十三日，行政院通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。
依上，小三通自是在賦予較為寬鬆的政策基調下，先試先行，為兩岸開創更寬廣的交流空間。然而，當前的狀況卻逆轉為，「台灣行，金馬就是不行」。此絕非特例，禁止金門活牛輸台、對金門農產品設下諸多的管控及限制，亦屬如此。基此，我們不禁要問，中央是以什麼樣的角度及心情，看待小三通的未來，以及金門的建設發展？農委會的這則新聞稿，或許能提供些許線索。
有關部分學者質疑小三通為中國農產品走後門之說，農委會表示，為避免小三通進口貨品對本島產業造成衝擊，相關配套法規中明訂所有開放小三通進口之中國大陸農產品僅限於金馬地區使用，一律禁止轉運至台灣本島。
這則訊息的重點不在於「避免小三通進口貨品對本島產業造成衝擊」，而是在於「所有開放小三通進口之中國大陸農產品，一律禁止轉運至台灣本島」，這是怎樣的一種鎖島思維？要知道這些開放品項中，絕大多數是准許開放直接自大陸進口至台灣的，為什麼經過了金門的土地便有了天差地別的對待？莫不是將金門當成了疫病之島、走私之島？
在「惡法亦法」的前提下，法令沒修改之前，所有的中央駐金行政單位只能照做。甚且依據現行規定，金門的落花生、大蒜、金針、柿子、香蕉及龍眼等六項產品，僅限旅客攜帶，十公斤以上即須檢附來源地供貨證明；若以郵寄方式運至台灣，不論郵寄數量則均須檢附來源地供貨證明。就疫病管制而言，此一作法可謂矛盾至極、漏洞百出，充其量只是拉個墊背的。誰都知道，小三通的農產貿易額極低，要管制一點都不困難，有必要擾民至此嗎？
小三通實施八年餘，因定位不明、執行失當，成效迭遭詬病；監察院分別於九十一年、九十四年兩度調查糾正，認為「行政院暨相關部會執行『小三通』業務成效不彰，洵有違失」。就算在這樣的社會觀感下，小三通的未來仍如墜五里雲霧。小三通的變與不變，實與《離島建設條例》中振興離島經濟之意旨攸關。眼下之境況，不忒荒謬？