1990年9月12日兩岸紅會組織簽署「金門協議」，這項協議實施已滿20年了，正當國人都將兩岸制度化的焦點，放在馬政府上台以後所簽署的14項協議與兩岸經濟合作協議（ECFA）上，卻不能忘記「金門協議」的時代意義，以及這個協議歷經兩岸詭譎微妙、起伏動盪之際所發揮的人道與和平的功能。
二十年前，當時由於兩岸兩會海基會與海協會尚未組建完成，兩岸政府之間也尚未展開正式接觸，兩岸之間充滿危機、敏感與禁忌，但兩岸雙方社會交流早已衍生許多問題，亟待解決，因此透過爭議與敏感性最小的兩岸人道的功能性組織---紅會組織來簽署，這一簽署象徵了兩岸已超越你死我活主權政治爭議，而能以保障人權、維護兩岸民眾權益的角度來思考兩岸關係，這一點很重要，因為兩岸關係能從功能性、經濟性、社會性的事務性議題先進行協商，達成協議，用靈活思維與務實作法解決兩岸人民的問題，金門協議是一個重要起始點。
當年我方主談人後來的首任海基會秘書長陳長文回憶說：「倘若過去20年來，兩岸關係的發展可以跟金門協議一樣，擱置爭議、異中求同、同中存異，可以非常務實、對人民最大利益的角度尋求最大的公約數，那就可以減少非常多不必要的社會成本與資源」。確實，金門協議簽署以來，象徵了人道精神超越政治藩籬，以民為重的務實取向，指引兩岸關係朝向了和解、合作與和平方向演進，具有重要的歷史指針的作用。
根據我方移民署統計，根據金門協議我方20年來共遣返了5萬680人，從最高峰每年遣返4000人次，各地靖廬收容所人滿為患，到現在各地收容所只有45人比較，顯示兩岸關係在20年來的巨大轉變。
陸委會現今所出版的重要法規彙編，「金門協議」往往是第一篇被收錄的兩岸重要法規依據。今天兩岸雖已簽署司法互助協議，但只要曾經從事兩岸共同打擊犯罪與司法互助的人都明瞭也應同意，「金門協議」發揮了兩岸制度整合中「路徑依賴」（path dependent）的效果，它還將繼續發揮影響力。
除了「金門協議」堪稱兩岸第一個最先簽訂的協議之外，它也是兩岸爭議較小、執行最久的協議，而它累積了兩岸進行偷渡犯人道遣返，以及刑事犯、刑事嫌疑犯的遣返作業的合作經驗，打下兩岸司法互助的穩固基礎，不僅如此，二十年來，兩岸時時處在對立緊張的冰凍關係，金門協議人道遣返作業持續不斷的進行，如同在惡化冰僵關係注入一絲絲的和解緩流。
金門在兩岸之間扮演一個神奇且特殊的地理位置，兩岸政府隔海分治半世紀，是以金門戰火作為開端，兩岸進入人道務實的新時代，也以「金門協議」劃下兩岸關係里程碑。如今兩岸邁入和平發展的新形勢，金門從離島前線，搖身一變為兩岸的交叉焦點，金門能否繼續扮演無可取代的關鍵角色呢？答案相信應是非常清楚且肯定的。