1911年辛亥革命、1912年民國肇建。臺灣、澎湖群島時值日本殖民統治，而金門、馬祖則處於這個新興的、但命運多舛的民主共和國的邊陲。
19至20世紀中葉以前，金門是閩粵重要僑鄉之一，僑民分布東南亞、日本各埠，僑匯經濟的回饋促成了僑鄉的近代化；當然，亦有不少的移民在海外落地生根。他們將閩南文化帶到異地，與當地傳統融合而成特殊的華人文化風貌。孫中山的國民革命受到各地華僑的協助，「華僑為革命之母」美譽實至名歸。僑居神戶、金門籍的王敬祥當時是中華革命黨神戶大阪支部長，長崎泰益號的陳世望僑商亦多有捐輸。今日在海外，孫中山足跡所至的數個城市多半建有紀念館，從檳城、新加坡、澳門、香港到神戶，他們紀念的不只是孫中山做為中華民國肇建者的功績，還包括提出大亞細亞主義以抗衡西方帝國主義之先驅思想。
馬祖的閩東傳統聚落、地方產業則充分展現海洋文化的精神。雖然地方傳說將馬祖歷史追溯至唐末王審知時代，且幾乎各島各村均將王審知神格化為白馬尊王而加以奉祀（除西莒外），但根據鐵板村大王宮牆邊石碑：「林自才喜捨中統鈔二十貫」（中統鈔為元世祖於1280年6月至1287年間於南方發行的紙幣）之載，馬祖列島最遲於元代已有聚落之形成。明中葉至清初，這些位居重要航道、豐富漁場的島群，一度是倭寇海賊盤據之地，1683年開放海禁後才又吸引閩東各縣百姓前來定居，這些即為現今馬祖人的祖先。民國成立之後，馬祖群島仍是國家的邊陲，是漁民討生活的山海空間。
金門、馬祖的歷史有其獨特性，亦有其相似性。尤其是在民國38年之後都被捲入了臺海兩岸對峙、自由與共產陣營冷戰的衝突中，成為全世界知名的戰地。蔣中正先總統向美國媒體指出：「無金馬即無台澎，有台澎便有大陸」（1955年）、「金門馬祖是防衛台澎的前哨，亦為自由世界鞏固西太平洋的生命線」（1961年）；前行政院長俞鴻鈞談到：「金門及馬祖之防衛，不僅對臺灣之防衛有密切關連，且與整個西太平洋陣線，均有極重要之關係」（1951年）。當年，美國國務卿杜勒斯（John Foster Dulles）亦發表聲明：「包括金門及馬祖的沿海島嶼，對中華民國有極重大的意義，且與柏林對西方的重要性相比擬」（1958年）。1960年美國大選，尼克森和甘迺迪進行4場電視辯論，其中1場論及世界局勢主題時，金門│馬祖（Quemoy-Matsu）一共被提了16次之多，足見其重要性。
隨著世界冷戰的結束、國內民主運動的蓬勃，民國81年11月7日金馬步臺灣本島之後，解除戒嚴，褪下戰地的角色。2001年的小三通開啟了新的機會，成為兩岸歷史和解的重要試點。但另一方面，也因為保存了眾多軍事空間遺產及生物多樣性的環境，文化觀光與生態觀光資源甚豐，是我國申請世界遺產的潛力點之一。若能妥善規劃、具體落實，有機會成為國際級的旅遊景點。
金門、馬祖是民國完整一百年的所在，也曾經是維繫臺灣經濟起飛、自由民主制度建立的重要屏障，歷史意義非凡。儘管目前國內各方因為歷史經驗、政治認同的分歧，讓第一個世紀的民國歷史喧嘩不休，但1949年起以金門、馬祖為核心的共同記憶，不僅是本地居民而已，更是當年獲得「金馬獎」的眾多服役青年的青春回憶。金門、馬祖可以做為凝聚臺灣共同體意識的一個起點，是一百年民國史的重要交集。