日前教育部部長蔣偉寧與立法院教育委員會視察金門教育業務，在金門大學舉行座談會時，金門縣議會負責審查教育文化業務的第四審查小組召集人許玉昭議員提出書面資料指出，教育部補助金門大學經常性預算實在偏低，若除以學生人數，平均補助每位學生經常門預算實居全國之末，因此提案要求，為提昇國立金門大學競爭力，增進其校務發展與預算經費合理化，其年度經常門補助經費原則標準，至少應比照國立澎湖科技大學補助款數額。
金大學生會會長周美辰提問指出，這些補助款的數據資料是第一次看到，實在令人吃驚，金門大學有八成學生來自台灣，難道選擇金門是一種懲罰？希望教育部能逐年調昇對學生補助。蔣部長回應表示，目前金大正處於大興土木階段，補助經費集中在資本門，排擠了經常門預算，若加上資本門，對金大每位學生的平均補助可能是全國最高，但未來會視學校實際需求來增加經常門，未來硬體建築完工後，資本門的資源亦可回流經常門。
金門大學民國99年8月1日改制為綜合大學，目前有三個學院、十三個學系、九個研究所，學生人數已達3,562人。101年8月並將新設海洋與邊境管理學系、華語文學系及工業與工程管理學系等三個學系；另有正在申請中之醫護學系。改制後金大學生人數循序成長增加，101及102年之學生人數已比國立澎湖科技大學分別增加187人及402人，但是教育部對同是離島的二所大學，補助經費標準不一，金門大學在二個年度以來，人數比澎科大多，經費卻分別少新台幣6,623萬元及6,593萬元。
若以除以學生人數，澎科大學生人均獲教育部補助85,601元，金大學生人均才57,431元，金大的補助剛好只有澎科大一半，明顯補助不公。遑論再去比較其他台灣的國立大學學生人均補助高達14萬的事實。
雖然蔣部長回應不無道理，幾年後預算結構就可回到常軌，但問題是「蓋房子期間，難道正常三餐就可以減為一餐」？一項校園建築工程從設計發包到建築竣工至少兩年，是大學四年授課的一半，研究生兩年上課的全部，不禁讓人質疑，教育部的補助標準，一定要以犧牲幾屆學生受教權益為代價嗎？
所幸近幾年金門縣政府、金門縣議會提供「改大卓越基金」、「建校基金」，彌補教育部補助不足的缺口，也得助於金門僑領踴躍捐助，讓金大學子對教育部偏低補助「無感」，甚至還有覺得金大經費充裕的錯覺，然而，縣政府這兩項基金只能算是及時雨，救急不救窮，僑領捐款穩定性也有限。平心而論，國立金門大學欲正常營運、永續經營，成為金門培育人才的搖籃，最終仍需仰賴教育部穩定的經費掖助，我們呼籲教育部應正視並儘速改善此一問題，因為，唯有教育部穩定的經費來源，才能讓大學島的發展獲得堅實而穩固的基礎。