金門歷史文化深厚，南宋以降，宗族移民落地生根，在朱熹的影響下，地方文人創辦燕南書院，首開教育之風；明清之際，科舉興盛、人文薈萃，享有「海濱鄒魯」之譽。島上的民間信仰與民俗生活，既古典又具地方性，保存地相當完整。近代以來，島民南渡謀生，僑匯經濟推動公益事業，亦引入文化混雜的建築風貌。1949年之後，金門成為國共對峙、世界冷戰的前線，長達43年的軍事治理，社會與空間被高度軍事化，但意外地保存了聚落傳統風貌、文化地景、無形（非物質）文化遺產、生態多樣性。放在多數以經濟發展掛帥的臺灣海峽東、西岸沿海城鄉發展經驗中，彌足珍貴。
1992年11月7日金門解除戰地政務，翌年2月7日開放觀光。為有效保存維護人文史蹟及自然地景，經過政府、地方意見領袖與專家學者的研究，金門國家公園管理處於1995年10月18日正式掛牌成立。金門國家公園的範圍包含古寧頭區、太武山區、古崗區、馬山區、烈嶼區，總面積約3,720公頃，佔金門面積的四分之一，為我國第6座國家公園，亦是首座以維護戰役史蹟、文化資產為主，且兼具保育自然資源的國家公園。
近20年來，金門歷經結構性的改變。一方面金門國家公園與金門縣政府致力於傳統聚落與建築之保存、低碳島、世界遺產申請之方向，積極發展了文化與生態的觀光產業；但另一方面，2001年起的「小三通」航班的開啟，讓中斷半個多世紀的金門、廈門與泉州得以恢復交通往來；同時，隨著中國海西經濟特區的快速發展，間接帶動了金門開發的呼聲。關乎保育與開發的對立，愈演愈烈。金門正走在歷史的十字路口。
金門國家公園作為守護金門環境、歷史、文化，有其功能。金門傳統聚落保存成功的案例，有許多就在國家公園範圍內的聚落。其中古厝民宿為金門的微型產業帶來相當優異的示範；軍事營區的活化利用亦有成效，翟山坑道音樂節的舉辦，更成為國內外知名的藝文盛事。此外，生態環境的基礎研究、棲地物種的保護及環境教育的推廣，國家公園也是稱職地扮演好其職責，讓金門成為閩南地區最後一塊淨土。
不過，面對社會急遽轉型，金門鄉親對地方發展的殷殷期盼，以及對社會公平正義的追求，金門國家公園應該要有更積極善意的回饋，要屏除畫地自限的框架，更貼近金門當地居民的需求，將保存保育的成果化為有益於提升民眾生活的實際效益，並加強對環境變遷的回應、旅遊產業的擘劃、保育共識的凝聚、基礎研究的應用，同時，透過夥伴關係、服務導向的溝通，努力與地方社會對話，和金門縣政府、軍方建構密切的聯繫。在有限的資源下，持續和金門縣政府攜手合作，一起成為金門發展的領頭羊，使得文化生態保存與地方產業發展兼顧，讓金門成為閩南地區發展的另一典範。