民國三十八年之後，中華民國政府播遷台北，由於政府全面性積極統籌辦理國民義務教育，全縣也因而達到村村有校的普及原則。金門歷經長期之動亂，地方整體元氣尚未復甦，全縣各級學校之師資及教育設施也因之簡陋不堪，政府為了加速國民基礎教育之推展，開始積極進行國民小學師資的培育。首先在福建省立金門中學設置簡師科，快速培育初等國民教育的師資，(國中畢業)分發到全縣各個國校任教。隨後為了提升初等教育之水準，又在金門中學設置特師科，招收高中畢業的學子就讀，時間為一年，以提高金門的師資水準。另外順便一提的就是各小學學童上課所使用的課桌椅，因受到教育經費短缺的影響，普遍均由水泥磚砌成，再以白灰粉刷而成。
此階段的教育推廣，為方便學童就讀，因此廣設學校，全縣共設有四十二所國民學校，隨後由政府出面經兩次之整併，減少十八所學校(另在六十三年、七十二年又分別執行減併一次)。其中金門縣第六國民學校之學區範圍包括古寧頭整個大村落，其學齡兒童計有三九二人，就讀學生數為三二八人，班級數為七班，教職員計十二人，設校地點就在古寧頭北山、林厝之間的空曠地段上。
民國四十二年，全縣學校均改為公立，本校易名為「古寧國民學校」，由於學校辦學認真，各項教學活動均表現得十分優異，翌年金門縣政府因此特將古寧國民學校列為全縣之示範國民學校之一，名為「古寧示範國民學校」。
古寧頭地區真的是一個苦難多變的地方，民國四十七年發生了一場舉世震驚的「八二三砲戰」，中共砲兵在四十多天的日子中，計向金門島群濫射了四十七萬多發的砲彈。金門島中古寧頭南山這個村莊受創最巨，整個村莊每一個家戶，其住宅幾乎均被中共砲彈射中而倒塌，全村的房屋均被轟炸得「村無完膚」，全村沒有一間民宅是完整的，真的是慘不忍睹，已成為名副其實的廢墟。古寧小學也真正成為無舍可歸的學校，因此祇好暫時停輟。
民國四十七年「八二三砲戰」之後，諸多家庭舉家遷台，古寧頭更有許多家庭遷往金門本島的金城、新市等地，這些地區當時民間稱為「後方」， 而古寧頭地區則算是金門的「前線」，因而更令人有特別危險的感覺產生。古寧示範國校由於砲戰的關係，原有的學生隨著家庭遷移而大量流失，此一情形頗為嚴重，為讓古寧頭地區之莘莘學子就學有所，鄉人乃籌資修葺振威第--位於古寧頭北山東界之前清提督李光顯的故宅，此宅地為三落大厝，俗稱「提督衙」，充當暫時性的校舍，供學童上課之用，另雄房宗祠也被暫時闢為校舍使用，以彌補「提督衙」空間不足。然而間格湫隘侷促，也祗能勉強維持，學校也因此被易名為「北山國民學校」。民國五十二年方再度復名為「古寧國民學校」。
肆、鄉僑族賢，籌建校舍
由於此時正值金門縣政府推行「三民主義模範縣」之際，在教育方面正全面推展三對等：「縣府」、「農復會」、「家長會」的建校三對等模式，鼓勵民間投資建校運動。那時古寧示範學校由校長李增祥及家長會委員李智中等組成建校籌備委員會，更承蒙地方熱心教育人士共襄盛舉，踴躍捐輸，共募得新台幣一十六萬三、一○八元作為建校基金，復由農復會得到補助款新台幣一十二萬一、七三三元，同時配合金門縣政府提供新台幣一十六萬三、一○八元之補助款，並進行校舍興建所在地之尋覓，最後仍選擇在北山、林厝之間的空曠地段作為建校之校址。校址擇定後，即著手規劃新建第一棟校舍(該棟坐北朝南，建地面積485㎡，設置辦公室一間、教室六間)及廚房、廁所各乙座。該工程於民國五十二年九月六日動工興建，民國五十三年二月十日竣工，五十四年四月再籌款配合政府補助，建築防空洞八座(位置在現前庭)。
振興鄉里莫先於學，興學之道莫先於建校，此為古寧頭人整體之宏願也。古寧頭地區有諸多鄉親遠渡重洋，經商異域，雖去國萬里猶能關懷桑梓教育，進而進行捐資興學之義舉，古寧頭旅外僑親之用心真令人敬佩不已。民國五十四年，旅居馬來西亞吧生坡僑領李朝第，母喪返鄉，得知故鄉邇年來學生班級數激增，原有之教室已不敷應用，乃率先認捐新台幣六萬元闢建教室一間，取名為「朝第村」。隨後李炎涯、李朝旺、李朝木、李永文等鄉親也當仁不讓，各認捐教室一間，每一間教室門之上方並鑲上一塊大理石，刻上捐獻鄉僑者之大名，以為紀念。【當年興建一間教室約需新台幣六萬元，李朝第、李朝旺、李朝木、李炎涯四位鄉僑各捐六萬元以上，因此有四間教室始以其名命名，又配合政府推動地方自治，一間教室作為一個村莊單位，形成現在保留的「朝第村」、「炎涯村」、「朝旺村」、「朝木村」；另李永文捐三萬元作為興建圖書室經費（西棟最南一間）】。
拋磚引玉之風影響深遠，隨後馬來西亞吧生坡、菲律賓宿務、依里岸等地之鄉僑熱烈響應，踴躍捐輸，捐款華僑眾多。
已有增建校舍經費，旋即於民國五十五年底陳報金門縣政府增建教室六間(即坐東朝西，東棟教室，第二校舍，建地面積434㎡)，縣府核示，著就地方已籌款項先行辦理增建，爰於五十六年五月鳩工構建教室六間(地方自費興建)及側面增建矮牆、文化走廊乙座上裝二塊建校誌，於民國五十六年七月七日驗收合校使用。並開水井乙口，供洗滌澆灌等之用。
復於民國五十七年陳報縣府增建教室六間工程(坐西朝東，西棟第三校舍，建地面積441㎡，縣府復文，因地方所負配合款一時難籌足，擬先行興建四間，其餘二間保證由地方負責於五十八年六月底以前建築完成照准)。(上項先建教室四間工程所需預算台幣貳拾玖萬壹仟貳佰陸拾捌元，除縣府原核定撥補壹拾陸萬元外，其餘地方配合款壹拾參萬壹仟貳佰陸拾捌元，希即繳府，以備統一運用)。興建四間教室工程完工，於民國五十七年十一月五日驗收，於五十七年十一月三十日復驗准予驗收。
民國五十七年十二月十九日行文縣府由地方自籌款項，增建教室兩間工程經核准以義勞方式(應由建校委員會聘請工程人員，負責施工期間技術指導)發包辦理。該新建教室二間工程於民國五十八年六月十六日驗收合格。
至今已興建完成三棟校舍，排列ㄇ字型，頓時整個校園寬宇廣庇，美輪美奐，始有足夠校舍，提供教學之用，全校學生數也增加為五九七人，班級數為十二班， 教職員為十四人。民國五十四年古寧小學更奉金門縣政府指示合併安美國校為古寧國校安美分班(至民國六十六年併入金寧中小學)，民國五十六年配合國教延長為九年，易名為「金門縣金寧鄉古寧國民小學」，又在民國六十三年配合學校精簡合併湖埔國小為古寧國小湖埔分校(至民國八十七年恢復獨立設校)，使古寧國小成為金門一所指標性的學校，其辦學績效一向表現優異。(此時，學校用地約六千貳佰餘平方公尺。許丕永校長就任，由許校長及金寧民眾服務站主任李國平，協請部隊支援將下操場擴展至現南邊圍牆，並建築面對村公所校門乙座，惟校地產權複雜，有地方熱心教育人士捐贈、有宗親(家長)會購置，或產權未辦移轉，直到七十年代始由學校承辦人辦妥，合併乙紙土地權狀，面積為12771㎡，於民國九十二年向兩位宗親價購二塊土地計831㎡，價款計新台幣801,045元，由縣府支付，為使校地完整，好納入規劃為幼兒室外教學與活動空間使用，於民國一百年向國有財產局有償撥用學校東南隅一角，面積55㎡，價款計新台幣39, 600元，由縣府支付，現學校用地產權清楚完整，易於管理使用)。
民國五十七年六月興建宿舍二幢(四間) (位於前述現前庭八座防空洞上面，靠北側矮圍牆邊)，以供需住校者使用，民國五十九年五月增建廁所一座，以應所需。民國六十年十月建築防空洞一座(現通林厝圍牆旁)以供防空(砲)避難之用。
伍、承平時期，校園建設
民國六十五年增設幼稚班，使國民教育得向下延伸二年。民國六十七年增建自然科教室一間，是為本校第一間專用專科教室，方便自然科學教學。民國六十八年建築水族池乙座，養殖魚類等。民國六十九年建築運動場東、南邊圍牆，隔年十一月改建南擋土牆及排水溝，並建水生植物池乙座，提供教學之用。民國七十一年增建完成社會科教室一間，後來做為幼稚園教室，並在教室東側增建幼生廁所、廚房。因幼生人數增加設大中兩班，將教室西側司令台改建為教室。民國七十二年拆建東側廁所乙間，改為現代化充水設有化糞池之廁所。隔年增建植物溫室、改裝輔導室、修建測候站、拆建爐灶等。民國七十四年整修滑梯，為維護做好學童視力保健，改裝日光燈吊管等。民國七十五年四月安裝循環活動遊樂設施乙套。
民國七十五年金門縣伍縣長蒞校視察，指示將校門改到北側，面向頂林路，學校與縣府即積極進行規劃設計，定案後隨即發包施工，拆除舊宿舍四間、防空洞八座、拆除動物園等，新建校門乙座及琉璃瓦圍牆，中棟校舍進行整建，將辦公廳打通，變成川堂，以便從校門直接進出校園。
新建校門左右兩柱， 西柱「水」字造型，其上方設計抽象的魚型，經校方、承包商、縣府建設科設計單位等研商，改為較具體的兩條鯉魚(由古寧頭北山泥水匠師李敏捷負責施建)，相應古寧頭，昔有雙鯉古地雅稱，雙鯉飛躍於水上，象徵「鯉魚躍龍門」，造型特殊，意義深遠。改建北側及西圍牆，由原來的矮牆，改建約1.8公尺高的琉璃瓦圍牆，全長245.5公尺，外側牆面雕有古代交通工具馬拉車的圖案，蘊含古代文化氣息，該改建案是學校景觀一大改變，完成後，整個校貌，煥然一新，目睹校園之莊麗，並增古寧之風勝。（中）