戰鬥村的作戰構想隨著工程的完工似乎逐步達成，但村落內四通八達的地下坑道，在維護保養方面卻成為沈重的負擔，因為當初未用鋼筋水泥構築的坑道，外表看一切如常，但內部已經嚴重坍塌。符文敏先生回憶說：「戰鬥村的構想在民國五十七年被提出來之後，各戰鬥村幹部即督導民防隊員挖掘村里的坑道，金城市區的四個里也都有這類工程，不過當時受限於財政，都沒有採用鋼筋水泥的建材，那時完成的坑道全是土坑道。許績永任鎮長時，土坑道已經塌陷的很厲害，有一次民防總隊副總隊長酆子儀邀我共同巡察土坑道，我們從鎮公所下去，經過縣政府，一路上，坑道頂一直在滴水，而且不時落下泥土，我說：『我們下坑道之前沒有知會其他幹部，萬一塌陷，沒有人知道我們埋在底下。』那時還沒有大哥大和無線電，後來他聽我的勸告，才找出口上來。金城的地下坑道很多，西門里有一段坑道經過民房下方，後來因坑道塌陷造成房屋傾斜，屋主還寫了一封存證信函通知我們，說：『如果房子塌陷，要我們負完全責任。』我們接獲通知，立刻向上報告，一面帶人勘查，並馬上給予補強。」

民國六十五年四月總政戰部副主任蕭政之中將蒞金視察，有鑑於土坑道的缺失，決定由國防部撥下經費，選擇重要的戰鬥村，陸續進行坑道工程整建。楊世英先生回憶說：「民國六十五年四月總政戰部副主任蕭政之中將蒞金視察並指示：『選定數個重要戰鬥村，利用坑道連接現有的兩用堡，同時視實際需要增建其他工事設施，構成的一座完整的戰鬥體，所需經費由國防部與金門地區共同負擔。』根據這項指示，金門開始了為期長達數年的戰鬥村工事整建。這項工程經歷五位司令官，六位縣長，耗費一億五千餘萬元，是金門歷年最大的民防工事工程。」

這項工程由自衛總隊負責規劃、協調、執行、驗收及結案。當時針對每一個戰鬥村的戰術的價值重新評估，再根據戰術的需要規劃戰鬥村的防禦工事和武器配備。實施整建工程是後勤組的業務；不過戰鬥村的武器配備事先經由戰情組詳細評估。許明鴻先生回憶說：「其實後續建造的地下坑道與我的承辦業務也有很大的關連，民國六十四年我開始承辦作戰業務，一般作戰工程必須根據作戰的需要來設計，作戰的構想是什麼？才能決定該項工程應該配置多大的火力，役勤組才依據火力配置的需求設計、構圖、施工。當初決定優先興建瓊林地下坑道，就是依據作戰單位的要求，是因為瓊林位於金門的蜂腰部，戰略位置最為重要，所以作戰部門決定由該村先做，地下坑道工程我均曾參與並提供意見。」

當初為了節省經費，都以各村現有的土坑道拓寬加深，然後再排列鋼筋灌漿，用以貫通兩用堡。當時負責作戰業務的黃錫安先生回憶說：「民國六十五年開始加強戰鬥村工事整建，利用舊有的土坑道予以拓寬、加深，然後排列鋼筋再行灌漿，用來連結村莊周邊的兩用堡和伏地堡。」

民國六十七年以後曾經擔任副總隊長的梁振瑛先生回憶說：「坑道施工之前都是經過總隊長、我及戰情組的人員到現場實際調查，戡定路線後，才進行細部規劃，坑道的結構也是經過專家設計，具備抗爆的能力，工程委由部隊的工兵來施工，經費則由國防部直接撥發。」

工程計畫經過戰情組的評估後交給後勤組，後勤組根據戰情組的需求來設計。其實，工程的構圖是經過層層的研究和審核，當時負責這項業務的總隊部後勤組長楊世英先生回憶說：「初步構圖是我設計的，金門防衛司令部也參與設計，總共有二、三種設計圖樣，再由民防總隊張修壽總隊長親自帶到台灣，向國防部總政戰部王昇將軍面報。總政戰部對此項工程也非常慎重，還特別委請後勤司令部工兵署專人來設計，目前金門的民防坑道工程是工兵署設計的。」「工程分三期來完成，金防部及政委會決定以瓊林村為第一期工程，整建金城為第二期工程，第三期整建安岐、斗門、沙美。」