訓練以不妨害生產為原則，利用農閒時間實施，主要對象以民防隊及預備隊。訓練分年訓、月訓和特別訓練。年訓全年共九十六小時，內容有班基本教練及戰鬥教練；射擊教育與實彈射擊；戰鬥村村落作戰演習；政治教育與心戰教育；期末測驗與閱兵。月訓每次四小時，利用農閒訓練；內容則是複習年訓的課目，重點在戰鬥村的「村落作戰」之演練。特別訓練則視戰備需要及狀況實施；主要內容包含反空降、防空、防砲、防火、防毒之訓練，及敵浮處理之演練。

金門地區大部人以農為業，民防訓練的時間大都選在秋收之後，當時農民較為空閒，所以民防隊訓練的時間每年大都選在十至十一月。民防訓練由守備區派幹部支援，開訓之前，先由自衛總隊召開協調會，提出的協訓需求。民國六十三年至六十五年間，曾在金門擔任第二十六師副師長的曲知平先生回憶說：「到我擔任副師長時，因師部負責守備區內所有自衛隊協訓工作，必須統籌調配本師的幹部，擔任各自衛中隊訓練的教官，所以對部隊的協訓工作有較完整的了解。年訓開始之前，我們會和自衛總隊召開協調會，根據自衛總隊提出的需求，再根據防區的防禦的目標，我們規劃相關的課程，然後調派最優秀的幹部來擔任協訓教官。訓練完畢，我們還會召開檢討會，檢討優劣得失，做為下年度改進訓練之參考。」

民國六十年自衛隊編組重新區分，民防訓練依機動隊、守備隊、婦女隊等編組實施訓練，同時實施高中職的學生暑訓。民國六十三年起負責訓練工作的黃錫安先生回憶說：「六十三年因工作輪調，我改任訓練工作，那時的訓練種類分為好幾種。第一是機動隊的訓練，每年訓練四個星期。第二是守備隊的訓練，每年訓練二個星期。第三是婦女隊的訓練。第四是學生暑訓。學生暑訓是金門地區的高中、職學生暑假參加軍事訓練，類似大專兵的寒、暑訓，只是訓練的時間較短，每年受訓一週，由金門高中、職以不打破原班級之原則下，編成十六個訓練隊，分由金西守備區及南雄師支援協訓。訓練重點以政治教育、兵器教練、戰鬥教練與救護教練為主。」

張修壽接任總隊長以後，民防訓練又做了若干調整，自衛訓練依對象及其任務需要，區分自衛部隊訓練、幹部訓練、員工戰鬥隊訓練和學生暑期訓練等，時間應該是在民國六十四年八月許明鴻先生調回戰情組以後的事；至於訓練的地點，以往都在中隊(行政村里)附近進行。自六十九年度起，改採取分梯進入各相關守備區基地施訓，並由縣府供應午餐。施訓時間由隊員依公告時段自行登記，曾任戰情組組長的張銘齋先生回憶說：「自衛部隊訓練，分二個階段實施。第一階段分梯次集中各守備區基地施教，第二階段為戰鬥村的自衛戰鬥演練。每階段分幾個梯次來實施，我們事先規劃，每梯次先訂下時間，例如第一梯次是1-7日，第二梯次是11-17日，第三梯次是21-27日，然後由自衛隊員自己評估，以自己最方便的時間登記，然後按登記的梯次參加訓練，如此有利於隊員安排調整自己的工作。」

但受訓練的時間、內容則依編組不同而略有差異，民國六十九年起開始辦理民防訓練業務的許明鴻先生回憶說：「當時民防編組分成機動隊、守備隊、婦女隊、幼獅隊、疏散隊。機動隊由十八至三十五歲之青壯男子組成，是自衛隊的打擊部隊，每年訓練二星期；守備隊由三十六歲至五十五歲(後期改為至四十五歲止)成年男子組成，負責戰鬥村的守備任務，每年訓練一星期；婦女隊由十六至三十五歲之未婚女子組成，每年訓練二星期，重點在政治教育和救護常識。」