專任漁民輔導員的業務是負責漁民每天動態的管理，漁民出港，漁民輔導員要在前一晚向港口衛哨班長預報明早出海的船隻數目，幾點出海，幾點回航，崗哨班長循戰情系統向守備區報告，守備區再向防衛部戰情中心報告。如此，防衛部才會知道明天有幾艘漁船在何海域作業；如果發現不明的船隻，防衛部才會通知守備區注意和監視管理。漁民出港，漁民輔導員必須帶隊前往海防崗哨，交給哨兵查核；傍晚漁船反航時，漁民輔導員又得提前至港口，清查回航的船隻及漁民是否全數回來。

萬一發生迷航事故時，漁民輔導員就必須向總隊部回報整個事件的詳經情形，這隻迷航的漁船是幾點出海，船上有幾人，原本應該返航的時間。黃平生先生回憶說：「回報的同時，還要立即要向其他船隻查詢，有無遇到該船隻；請軍方雷達協助在原申請作業海域搜尋，並派船到打撈區域找尋。如果仍未尋獲，就委託漁船於隔日出海時向大陸漁船探詢，一般的問法是：『你們是否曾聽聞我們金門的漁船迷航，開到你們大陸：：：』；有時根本不用我們開口，大陸漁民一遇到我們，就先開口說：『你們金門有一艘漁船迷航，開到我們大陸：：：』、『你們有一艘漁船，因為機器故障，被我們的漁船拖回大陸○○港：：：』。早期，漁船上根本沒有通訊器材，只有簡單的烽火，如果漁船故障，根本無法通知家人或相關單位；僥倖遇到大陸漁船，最多只有請他們幫忙拖到海面的中線，因為兩岸對峙時期，雙方船隻是不能越界的；如果對方不敢拖到海域的中線，迫不得已，只好拖到大陸修理，待機械修好後，再送他們回來。」

漁船迷航的回來時，金防部、自衛總隊會找他們去問話，問話的內容，黃平生先生回憶說：「不外是船幾日何時出海？什麼原因去大陸？到過大陸那些地方？大陸問些什麼問題？你們如何回答？通常是船長和船員分別隔離偵詢，製成筆錄，再比對所有的筆錄，是否都相符？再查證漁民輔導員呈報出海的時間，去何處作業？何故去到大陸？」 問話的目的在防止漁民隱瞞事情經過，洩露防區的軍機。

總隊部為防止漁民洩密，規定漁民中隊還要有佈建人員，佈建人員要每天回報，回報內容據黃平生先生回憶說：「海上接觸何人？時間多長？交談內容為何？大陸漁民問些什麼？我們的漁民答些什麼？我們的漁民問些什麼？大陸漁民又回答些什麼？再由漁民輔導員收集彙整後，將這些漁事情資料送自衛總隊輔導室彙整後分送金防部政四組及閩工處，移作情報研判參考。」

　 「遠洋漁船都停泊在料羅碼頭，後改在新頭漁港，漁民也都編入遠海漁民中隊管理。遠海漁民中隊的編組採取三三制，就是三小隊編為一區隊，三區隊編為一中隊。黃平生先生回憶說：「我在基層工作的時間大約有二年，民國六十年我調到料羅港警所漁港處，擔任遠海漁民中隊的漁民輔導員。遠海漁船中隊是由遠海作業之漁船組成，這些漁船都是二十噸以上的漁船，輔導員負責遠洋漁民的編組和訓練。當時遠海漁民中隊的編組採取三三制，就是三小隊編為一區隊，三區隊編為一中隊，這種編法是根據國防部『金門地區漁民編組辦法』的規定辦理的。當時規定二十噸的漁船每艘最少有六名以上的船員，通常為八至九人，一艘漁船編為一小隊，三小隊編為一分隊，三分隊編為一區隊，那時遠洋漁船共有十艘，編為三個分隊，我任區隊長，漁港處處長兼任中隊長。小隊長由船長擔任，如果船長不適任則遴選適當的人選來擔任。」

漁民講習很早就已經實施，張奇才先生回憶說：「記得民國五十五年，我出任漁民大隊輔導員，那時漁民每年訓練一星期，那一年剛好在成功休假中心舉行大規模的漁民集中訓練，六、七十歲的漁民都要參加，約有一八○人，編成二個中隊，總共訓練了七天，才剛要結束，結果五月六日蔣中正總統夫婦及孔二小姐蒞臨金門，而且一待就是一個星期。為了防區的安全及防止洩密，又將漁民的訓練時間延長了一星期，不但造成漁民抱怨連連，就是我們主辦單位也困擾不已，因要臨時增加一個星期的課程也不是那樣容易，最後只好安排參觀訪問。」