其實任何部隊要解散，武器裝備的移交都是一件最傷腦筋的事情，因為武器裝備移交，常見的問題是帳目不符，這次自衛部隊武器裝備移交就有這種的現象，可能早期的一些武器已經汰換或已經報廢，但承辦人並沒有完成除帳手續，以致在帳面上還存在這些帳目，後面接辦的人員又不清楚整個情形，造成若干困擾。還有自衛隊員雖然每年都有裝備檢查，但終究不是軍人，專業知識差了一些，到了後期保養也較為馬虎，因此造成若干損壞，以致造成一些裝備不堪使用。武器裝備有損壞，按國軍的規定損壞裝備是要賠償的，但民防部隊那裡找錢來賠償呢？不交接不行，要交接又有問題，所以其間不斷的協調，開了好幾次會，後來自衛總隊建議金防部代轉國防部，提議自衛總隊即然要裁撤，希望能夠以現況來交接。國防部同意這項提議，後來就以現況交接，因此排除了初步障礙。

董巖山先生回憶說：「在現況交接的指示下，我們又和軍方開了多次協調會，武器如可分類？何時清點移交，交接的對等單位為何？裝備器材如何分門別類？各交給那一個單位？如何裝箱打包？何時完成移交？那時金防部也全力支援我們。因為我是從金防部下來的，和當時幾位處長的關係還蠻好的，所以在協調上並沒有問題，當時副司令官馬雲昇又全力支持，在長官的協調下，把事情圓滿解決了。但裝箱過程又碰上經費的問題，當年我們並沒有將武器裝備移交費用列入預算中，以致裝箱打包的經費無從支出，例如武器裝箱之前要塗黃油，數目龐大的武器，所需的黃油不是一筆小數目就可以解決，何況還有裝箱打包的材料費，我們也是透過協調，最後國防部撥下一筆經費，整個武器的交接才順利完成。」

一位資深職員回憶說：「當時我負責整個回收計畫的籌劃，從計畫草擬，到實際執行都是自己來做。回收時先由各中隊集中保養，然後按武器、彈藥、兵工等類別，分類分項陳列，再逐項清點清楚，繳交指定單位接收。」「這次回收武器裝備的任務，在軍方、縣府、各鄉鎮、各機關及各級長官共同督導下做得非常成功，不短少任何東西，各級長官讚譽有加，認為做到零缺點。」「武器彈藥全數繳回後，各機關學校相關人員的內心都變得非常輕鬆，因為如此龐大數量的武器彈藥，安全防護問題一直是保管人員內心沈重的負擔，至此總算鬆了一口氣。」

至於業務移交方面，單位裁撤，業務自然要移交；戰地政務解除，業務回移常態，自衛總隊的事務本屬於民防業務，民防屬於警察局的職掌範圍。警察局設有民防課，他是比照台灣的民防業務，依照中央的規定來處理民防事務；與自衛總隊為適應戰地政務的作戰方向，以及各大隊、中隊隸屬於守備區來指揮的關係不一樣，警察局的民防業務可以說是從新開始的。許明鴻先生回憶說：「自衛總隊裁撤後，原本要把所有民防相關的檔案全部移交給警察局，但警察局除了少數與現行法令有關的資料接收外，大部分的檔案則以掌管的業務不同而不願接受。」

自衛隊的保存的檔案有機密的和非機密的二種。機密資料包含作戰計畫和作戰工事資料。自衛總隊的作戰是根據防區的作戰綱領訂定的，自衛總隊的作戰計畫都要報到防衛部第三處；各大隊、中隊也都有作戰計畫，因為各大隊、中隊都直屬守備區來指揮，所以每一個大隊、中隊(鄉鎮、村里)的作戰計畫要送給守備區，整個防區的作戰計畫很完整。

至於作戰工事資料，最主要的是地下坑道工程的資料。民防用的地下坑道工程是在王昇任總政戰部主任時建構完成的，那時先由自衛總隊評估村莊的戰略位置及重要性，然後依據作戰構想草擬作戰計畫，配合作戰計畫設計工程草圖。向王昇做完簡報，通過或修改後的設計圖再發交防衛部，由防衛部指定某一工兵來做。工程的相關資料由自衛總隊保管，列為機密的資料。

非機密的資料包含自衛部隊的訓練、裝備保養檢查、國慶閱兵等資料。一般的訓練計畫都發到各單位，每年的訓練計畫也大同小異，不具有機密性，一般都依規定時間銷毀，時間一般是五年。裝備保養檢查也是例行性的工作，每年依規定的時間進行裝備檢查，再依評比頒發績優單位及個人獎項，根本沒有機密的價值，國慶閱兵也是例行性的業務。