目前葬於金門延平郡王祠右側之明石井鄭氏祖墳，即順治十五年(一六五八年)鄭氏協理五軍陳堯策探悉以厚賂計脫的鄭氏祖骸八具。先是寄存思明，時疑信參半。後來鄭經於康熙十五年(一六七六年)卜地於金門山前合葬之。民國四十八年七月，駐軍構築坑道工事時發現，即移葬於后浦北郊頂枝牌鄭氏園地；民國五十八年建延平郡王祠後，再遷今址。

順治十七年(一六六○年)，鄭成功駐金門后浦，命思明州將領官兵眷口，移住金門浯州、烈嶼等處，百姓遷移過海，聽其自便。五月，清將軍達素、總督李率泰等，大舉攻金門，不得，達素回福州自殺，九月兵民家眷俱回思明州。

順治十八年(一六六一年)二月，鄭成功提師駐紮金門城，整理船隻，以兵官洪旭、前提督黃廷居守思明州，戶官鄭泰守金門，積極準備攻取台灣。二月一日，成功統率文武官員將士，在金門料羅灣親自祭江，乃正式誓師，並曰：「本藩矢志恢復，念切中興。前者出師北伐，恨寸土之未得。既而舳艫數萬還，恐孤島之難居，故冒波濤，欲闢不服之區，暫寄軍旅，養晦待時，非為貪戀海外，茍延安樂。自當竭誠禱告皇天，並達列祖。假我潮水，行我舟船，爾從征諸提鎮營將，切勿以紅毛砲火為疑畏，當遙觀本藩鷁首所向，銜尾而進」。三月二十三日午刻，成功以四百艘艨艟，載二萬五千名兵員，艦隊首尾長十里，自料羅灣啟椗東航，八個月後打敗荷蘭人，收復台灣改名東寧。明兵部張煌言以書責成功曰：「今一度入台，則將來金廈二島不能守，此陷天下之望於孤也」。

康熙元年(一六六二年)，鄭經監守金廈二島，與四弟乳母通而生男，詭稱侍妾所生，成功及經母董氏，賜物與生子者，又稱賞台灣將士。經聘尚書唐顯悅之孫女為妻，顯悅發其姦情；成功大怒，遣兵官楊都事到思明州，奉令箭欲殺經，陳氏與其所生及董氏、洪旭等不肯奉令箭，殺楊都事，而訛傳周全斌奉密詔欲殺諸將十餘人，於是人人自危，洪旭等使周全斌回廈門港，即執而拘之，黃昌勸鄭泰殺之，全斌求救於董夫人，得免遇難。成功以諸將抗命益恚恨，五月初八日殂於東寧。鄭經手諭周全斌呈進兵方略：「東都險要惟恃安平，爾全斌從先王征討有年，必諳悉地方情形，今進兵當從何條港路登岸，速條陳方略來看，此諭」。十一月鄭經率眾入臺灣，遂嗣位。

鄭經母董夫人係晉江人，明末避居古崗村的廣東雷廉道董颺先之姪女，金門古崗董氏家廟奉祀有董颺先木主牌位，祖譜上記載有：「先時海上群盜剽掠鄉村，沿海居民皆受其害，吾家以颺先公姪女酉姑，故頗得免 」的地方史料；南安石井鄭氏家族亦存鄭成功暨董太妃神主牌。

康熙二年(一六六三年)十月，清靖南王率總督李率泰、陸路提督馬得功、海澄公黃梧、水師提督施琅等襲取金廈二島，荷蘭水師提督波爾以軍艦十六艘，載精銳數千人協清軍攻戰，周全斌迎戰馬得功於金門烏沙頭，金門縣誌記載有斌兵墓，是此戰役中喪生的明兵墓葬處。繼之施琅先克廈門進取金門，鄭經退守銅山，不久即退回台灣，放棄金廈二島。清兵入島，島中人民數十萬多遭白刃，投誠兵復肆殺掠，遂墮其城，焚其屋，棄其地，遷沿海遺眾於界內而還。

兵馬倥傯之際，康熙癸卯二年，金門百姓受害最深，由各宗族祖譜中可見兵連禍結的事實。董氏祖譜寫著：「癸卯盜賊四起，壯者斃于鋒鏑，老弱轉死，幼稚盡為幼虜，族中數千存者百無一二，甚至功胥盡，袒免郡殲，雖曰物勝而殺理數則，然而變故之大，實自古罕覯。」黃氏家譜記載：「清聖祖在位六十一年，康熙二年癸卯國變，金島遭亂，屋廢逃，至康熙十九年庚申始平定歸清返鄉重建。」引康熙年間楊亭傑撰金湖族譜序文；「癸卯島變遷移之慘甚也，盧舍丘矣，人丁失田園蕪矣，生齒寥寥。」甚遠至澎湖的鄉民仍留有記錄，許氏續譜小序：「癸卯之役，浯海滄桑，骨肉仳離，十不存一矣」。許氏增建家廟小引：「憶自浯海滄桑以後，宗族星晨遷徙而來澎者，十有四、五。始也去珠猶思還浦，繼煙萍跡遂成梓邦」。康熙十三年(一六七四年)，耿精忠據閩反清，令人入台結援，鄭經復據金門島。康熙十九年(一六八○年)清水師提督萬正色，率師攻金門，守將吳國俊迎降，鄭經退守台灣。康熙二十二年(一六八三年)施琅東征台灣，克塽降，島民被遷入內地者漸返金門。後來鄭克塽奏請歸葬鄭成功父子遺骸，返回故里合葬在南安康店覆船山，康熙三十八年(一六九九年)，遷葬時康熙賜輓聯一對：「四鎮多貳心兩島屯師敢向東南爭半壁，諸王無寸土一隅抗志方知海外有孤忠」。正雪寫照鄭成功為明續脈的堅貞志節，而金門雖然是彈丸之島，卻因位於閩海險要重地，無法避免戰爭動亂的侵害。明末清初，鄭成功家族的興起與反清抗爭的活動，金門是一個重要的場景，同時也扮演著重要的角色。