日本的開國
與近代中國的歷史相仿，日本的開國亦是受到西方帝國主義的影響，然前者一開始是英國勢力的逼迫，後者則受制於美國的兵臨城下。1854年日本與美國締結《日美和親條約》，繼而於1859年有《日美修好通商條約》，承認美國人在日本的居住和貿易權。1859年7月1日，橫濱、長崎、函館開館（史稱安政開港）。1868年1月1日關西的兵庫（神戶）開港、大阪開市。
隨著日本的開國，歐美的海運公司相繼開設了中日之間的航線，如英國的P&O公司於1859年開設上海至長崎航線、1864年開設上海至橫濱航線；法國的法國郵船公司於1865年加入了上海至橫濱航線；美國太平洋郵船公司（PM公司）於1867年開設舊金山---橫濱---上海的定期航線；1869年開設橫濱---神戶---長崎---上海的定期航線。透過歐美公司的航班，長崎、神戶、橫濱等地成為華僑赴日的集中地。之後，中國輪船招商局於1872年於上海設立，亦開辦中日航班。日本人岩崎彌太郎創建的三菱公司於1875年開設橫濱至上海的航線。1885年，三菱公司與共同運輸會社合併成立了日本郵船會社，受到國家資本的支持，與歐美公司相抗衡，1885年串聯起橫濱、神戶、下關、長崎、上海。1886年又開設了長崎至天津航線；1889年神戶至天津航線、1893年印度航線、1896年臺灣航線（神戶---沖繩---基隆）等陸續開通。這些航線網絡的形成，一方面為日本的進出口貿易帶來巨大的成長，一方面也使得福建、廣東、三江（浙江、江蘇、江西）等不同方言群移民開始進入日本港埠謀生。
長崎的福建會館及金門人商號
事實上，長崎的海外關係早於1859年的開港。1570年，統治長崎的大村藩將港口提供做為葡萄牙商船的停泊地；之後荷蘭人的進入，並帶給近代日本第一次歐洲文明的衝擊（蘭學）。1600年前後，駛往日本九州的唐船（中國船隻）也都由長崎進港。一部分的華人在此定居而逐漸形成華僑社會。伴隨唐船貿易的興盛，1689年日本幕府為了進行管理而設置了「唐通事」的職位。這個職位任用的是在當地居住的華人，幕府還接受了福建出身的貿易商提出的申請，允許他們在稻佐山麓建造範圍廣大的華人共同墓地。
在長崎，這段時間佛教再度興盛，唐船船主及一些定居下來的華人，在本地修建了自己的寺廟：興福寺（三江人）、福濟寺（閩南人）、崇福寺（福州人）。1635年幕府發布了唐船集中長崎的命令，加快了長崎的繁榮和華人社會的發展。根據入港紀錄的統計，在1637年至1857年的220年間，唐船來航共計6,400艘、荷蘭船540艘。唐船貿易對於中國與日本的經濟、文化交流有很大的貢獻。
1859年安政開港之後，自1689年以來持續施行的唐館貿易體制終告結束。1868年，取代原有唐人館作為華僑自治組織的福建會館和廣東會所分別成立，稍後三江會所也隨之成立。這三大華人社團是長崎華僑社會的主力。1878年清廷設置了駐長崎領事館。1893年，在第四任領事張桐華的提倡下，華僑們齊心協力興建了孔子廟，並於廟內設立華僑學校。1907年以三會所為基礎，成立了長崎華商商務總會。
在長崎或神戶的華人社會，不像東南亞各地擁有「次地緣」的鄉團（如金門會館、安溪會館等），而仍是以福建幫、廣東幫、三江幫的分類為主。1868年，長崎福建會館正式成立，最初名稱為八閩會館，繼承了唐人館所管理的五堂（土神堂、天后堂、觀音堂、仙人堂、聖人堂）寺廟，以及稻佐唐人墓地。其中，天后堂於1999年被長崎市指定為文化遺產。福建會館首任總理的鈕春杉（江蘇省長洲縣出身）和總管的鄭仁瑞（福建省長樂縣出身），都是唐人館時代的唐人館總理和總管。
1888年，會所因火災而燒毀。當時會館總理為出身金門新頭的陳國樑（泰昌號經營者）。在他的發起下，1897年會所被重新建成，並更名為福建會館。之後重建的。會館剛成立時加盟的會員商社有泰昌號、廣隆號、德泰號、裕豊號、裕源號、振豊號、裕興號、永豊號8間商社。會員商社加盟數最多時達到27家，最少時有4家。
歷代的總理分別為鈕春杉、蕭仰齋（泰昌號經營者）、陳國樑（泰昌號、泰益號經營者）、歐陽仁（德泰號經營者）、陳世望（國樑之子，泰益號經營者）、陳金鐘（世望之子，泰益號經營者），現在由陳東華（金鐘之子）繼任。在《泰益號文書》裡有許多福建會館的文書史料。
相對於在日本侵華戰爭當中被解散的廣東會所、三江會所而言，福建會館是現在僅存的一所。今日，福建會館的主要功能並非工商團體，現在主要是廟宇的祭祀和文化遺產的維護管理工作。
長崎的福建人商號，最早成立者是1861年的泰昌號。泰昌號的歷任商社主管為陳明達、黃信候、蕭仰齋及陳國樑。1900年，陳國樑因為合作人蕭仰齋逝世而將泰昌號解散，接續了泰昌號的業務創建了泰益號商號。
1901年泰益號正式成立，創辦人陳國樑在兩年後將棒子交給了長子陳世望，返回金門。陳世望於1912年開始，在接下來的28年時間中歷任福建會館總理、長崎華商商務總會會長、長崎華僑時中小學校董事長、福濟寺檀家總代等職務。第三代的陳金鐘也追隨父親世望從事貿易經營。1940年，陳世望辭世且中日戰爭加劇，泰益號暫時畫下句點。現由福建會館會長陳東華先生在原址經營高級商務旅館，已恢復泰益號的美名。
泰昌號、泰益號留下的龐大資料，於1974年陳金鐘過世後被發現，這就是著名的《泰益號文書》。其內容包括貿易帳本類約3千冊、書簡類約2萬5千件及其他資料。數量龐大，內容記載了自1862年到1940年為止的近80年間，與台灣、上海、大連、香港、新加坡、馬尼拉、仁川、海參威等地之間的貿易往來記錄。另外資料當中還包含了許多領事館和華僑團體之間的相關史料記錄。其中還包括1902年以後，由金門寄出的書信約760封，俱為珍貴的史料
長崎另外兩個金門人的商號，還有山后下堡出身梁有道（梁天就）及英坑出身的黃聰明（金聰）。梁有道於1866年，單身遠渡長崎，與陳國樑大約屬同一時期。1885年在新地八番地創設和昌號，經營客棧和海產貿易業務。之後，交棒給兒子肇三。梁肇三經商有成，並擔任了福建會館副總理的職務。1912年梁肇三辭世，葬儀在由閩南幫的福濟寺舉行，依據當時的風俗，遺體放入棺木，以船送回金門安葬。繼任者梁順來（丕安），與泰益號經營者陳世望的長女會治聯姻，梁陳兩家成為姻親關係。和昌號因為世界經濟恐慌等各種原因，經營陷入低谷，於1929年結束日本的事業返回金門。
黃聰明於1897年創辦福興號，址在新地七號。在1910年代以前，福興號經營了「福升棧」旅館，同時也經營中國東北、朝鮮、海參崴等地的海陸產貿易，與和昌號並駕齊驅。此外，他還在釜山設立分店「釜山浦鹽福興號」。黃聰明在事業發達時，返回英坑興建宅第，大門上懸有匾額，上書「奉直第」，兩側有「聰明仁兄大人屬」、「駐劄日本長崎正領事卞綍昌題」。卞綍昌為第七任駐長崎清國領事，任期由1903年到1907年，而這段時間正是福興號最繁榮的時期。
金門人在長崎福建幫當中，人數不是最多，但卻是商業經營相當傑出的一群，對當地福建會館、華僑社會的凝聚、華人文化的傳承等貢獻，功不可沒。
神戶的福建會館及金門人商號
神戶是另一個金門人聚集的日本僑居地。1870年，金門山后中堡出身、復興號的店主王明玉（國珍）於自家經營的店內召集了漳泉同鄉，設立了八閩公所，並任第一任理事長。當時，神戶的華僑約有240人。
根據王明玉長曾孫王柏林先生（現任神戶孫中山記念館榮譽館長）之研究，1868年間，時年約二十五、六歲的王明玉，帶領一個布袋戲的班子，坐上唐船來到日本長崎港，初在「碇」這個地方下船，後來移往以貿易港著稱的神戶。1871年，王明玉改於大阪川口田町與神戶的海岸通二丁目地區，設立貿易商號「復興號」，1892年再移往神戶的中央區海岸通三丁目一番22號址。根據1888年〈大阪居留清國商民調〉資料，復興號的資本額登記為一萬兩，已屬中型規模的商號；王明玉也積極參與華僑社會的事務，如神阪中華會館創建時（1893年），復興號曾捐助六百兩。
復興號的商業版圖，在與福建同鄉商社的合作，以及家族成員陸續來日之協助下，逐步擴大。首先，1885年復興號於神戶登記營業時，由同安人黃禮蘭創設的廣駿源號（火柴製造）擔任保證人。年紀相仿加上同鄉之誼，使得同到異鄉打拚的王氏與黃氏關係深厚。當王明玉於日本站穩腳步後，家族成員陸續跟隨他的腳步出洋。下一代敬濟（即敬川，又號德經，1858年生，1879年初至神戶，先於源泰號任職）、敬祥（1872年生，1888年初至大阪復興號工作，1893年至神戶）、甥敬斗（1863年生，1897年任復興號會計出納）、孫振卿（1880年生，敬濟之子，1902年至神戶）、甥敬施（1885年生，1904年至神戶），陸續來到復興號協助。另一方面，復興號也僱用了福建晉江籍的同鄉陳興東（1860年生，1896年至神戶擔任書記）、周起摶（1875年生，1898年至神戶，負責海產物出口的工作，後任職於分支商號瑞興號）。得其家族成員、同鄉夥伴的協助，復興號生意愈來愈大。王明玉成為八閩公所的第一代領導人，頗負眾望。
1899年，王明玉告老返鄉，王敬祥接任復興號，也被推薦為八閩公所理事長。1903年王明玉在金門逝世，總計領導了八閩公所長達29年之久。王敬祥是於1885年、時年十五歲赴日，邊學日語、邊熟悉貿易業務。1913年起，並擔任了橫濱正金銀行神戶支店的買辦（信託代理人），不僅受到神戶華僑，也受到神戶經濟界的信任，與當地社會名流多所交遊，如當時日本重要之政治家、企業家、文化界人士等，被稱為神戶華僑的「巨頭」。王敬祥與台灣板橋林本源家族的林爾嘉（台灣名人林維源之子）理念相投，王氏的長女臻治、次女寶治分別嫁給林氏的二子剛義、五子履信，親上加親。世交的兩家，關係一直很好。辛亥革命前後，王敬祥一直是神戶華僑社會政治活動的中心人物之一。他也深受孫中山的倚重，除八閩公所外，還是神戶中華會館理事長、中華民國統一僑商聯合會會長、國民黨神戶交通部副部長、中華革命黨神戶大阪支部長；另外他也於1905-22年間擔任神戶同文學校的副董事長。1922年王敬祥在日本過世，棺木遷葬回金門，他亦擔任會館理事長有23年之久。來自金門父子兩代領導神戶的福建人會館，超過半個世紀。
八閩公所初設於復興號內，1903年遷到北長狹通五丁目新建的會館，並更名為「福建商業會議所」。1930年申請社團法人時，再改稱「社團法人福建公所」。當時，公所的建築物富麗堂皇，許多日本華僑的婚禮都在這裡舉行。此外，神戶勞動階級（夥計）的華僑組織互助會，並商借公所於下班後開辦日文、漢文、英文補習課程，一時之間讀書聲朗朗，蔚為美談。不過，社團法人福建公所的時代動盪不安。二次大戰期間，會員紛紛回中國。1939年曾被勒令解算，成為清算中的法人。1945年會館中彈焚毀，喪失活動據點，一度沉寂。詹廷英是戰後重建福建公所的關鍵人物。1958年福建公所重建，不少會員捐輸，其中35％是由東方公司的鄭崇璧一人獨捐。當時他已離日赴菲，但仍關注神戶同鄉。公所為彰其功，特聘他為名譽理事長。
1983年10月12日，社團法人福建公所辦理清算，畫下其53年的歷史，並將其土地捐贈給財團法人福建會館，這是第四次的更名。翌年，立刻興建了福建會館大廈，除聯絡鄉誼外，還積極從事公益事業、照顧會員福利問題。
從八閩公所、福建商業會議所、社團法人福建公所到財團法人福建會館，金門人扮演了重要的角色。除創辦者王明玉、王敬祥外，1930-40年代的王重山（敬祥之子）、王敬斗、王敬施也頗多貢獻，長期擔任理事一職。1980年代開始迄今，祖籍古崗的董國華、英坑的黃祖道及黃祖毓、山后的王柏群等人亦擔任要職。現任神戶福建會館會長由黃祖道擔任、秘書長為林正茂，俱為金門後裔。
僑居日本的金門後裔，由於日本對華人歸化入籍採取嚴格政策，多數在中國與日本建交後只得申請中華人民共和國護照，僅有日本國長久居留權。因此，在戰地政務時期，他們不可能返回金門，甚至入境臺灣亦有困難，與故鄉的關係不若東南亞僑民密切。然而近十年來，隨著兩岸關係的和緩，神戶的王柏林、王柏群、王林昭基、長崎的陳東華等人，陸續返鄉，重新連結起與父執輩出生地的關係。（系列完）