身為金門唯一的地區型醫院，目前正確的名稱為衛生福利部金門醫院，但是還是有很多人會稱呼他為署立醫院，那是因為從民國94年到102年之間，他的名字為「行政院衛生署金門醫院」，簡稱署立醫院。在民國102年奉核改為「衛生福利部金門醫院」。
衛生福利部金門醫院，可以一路走到現今的地區醫院的過程很不簡單，有著許多金門前輩們、醫護前輩們的努力，才有辦法有今日的衛生福利部金門醫院。
金門醫院的前身要從民國34年抗戰勝利後開始說起。那時候因為縣治因素成立「金門縣衛生院」於金城鎮模範街，民國38年因停止縣治而撤銷，一度由民間慈善團體改辦為平民診所，未幾復納入行政公署，改稱為「金門衛生事務所」。
民國39年又改為「金門公醫事務所」。
民國42年隨縣治恢復，設福建省「金門縣衛生院」於金城，民國45年遷至金湖鎮新市里.。
民國81年戰地政務解除，同年12月7日奉准成立「金門縣立醫院」。
民國94年10月1日金門縣立醫院改制為「行政院衛生署金門醫院」。
民國102年7月23日奉核改為「衛生福利部金門醫院」。
金門醫院雖然為地區型醫院，但自94年起與台北榮民總醫院與健保局、金門縣政府及金門醫院共同合作執行「金門地區醫療給付效益提昇計畫（IDS）」，加強下列各項醫療服務：
1.每月提供大金門地區急診124診次(每診次以八小時原則）。
2.支援專科醫師駐診：每月提供6名專科醫師駐院服務（科別以當地需要為主）。
3.專科醫師門診：依據本縣醫療需求排定專科醫師支援門診醫療，如小兒神經科、小兒心臟科、神經內科、心臟內科、泌尿外科、胸腔內科、家醫科、腎臟科、皮膚科、眼科、耳鼻喉科及復健科等專科醫師門診，每年支援約1,800診次左右。
4.提供完整轉診體系：建立三級轉診制度，由基層醫師視病患病情需要，將病患轉介至地區醫院治療或是聯繫執行中心安排後，送住院服務。承作醫院在病人穩定後，再開具轉診單，將病人轉介回地區醫院，繼續治療或是基層診所後續追蹤。
5.需赴縣外就醫病患住院服務之安排：以承作醫院為主要住院單位，設立單一窗口作業，負責協助住院病患迅速就醫相關事宜，並增加其他後送作業服務，如派遣醫護人員隨同後送工作、救護車於機場待命等候接送。
6.其他醫療服務事項：遠距會診、影像醫學診斷等醫療事務支援。
而IDS的計畫與金門縣政府各項醫療補助相互加乘效果下，也加強了本縣的健康安全網。