依據新修正公布的會計師法修正條文當中第三條所稱主管機關，在中央為財政部，在省由財政部指定。而有關福建省之會計師管理業務，業經財政部指定仍由福建省政府持續辦理，省府特別公告周知。

省府指出，會計師法未修正前，有關會計師兼在省執行會計師業務登陸案，為便利會計師申請依會計師法規定而由省府辦理；而會計師法業已修正頒佈實施，條文中有關省主管機關部分刪除，臺灣省主管機關受理會計師之登陸已改由財政部辦理，並指定由財政部台灣省中區國稅局辦理，而關於本省部分並未指定。

由於新修正條文中也規定，關於會計師主管機關，需由財政部指定，省府去函財政部請求解釋、指定，經財政部來函指出，本次會計師法修正係配合精省及加入世界貿易組織，為因應精省後台灣省政府功能業務之調整，原由台灣省財政廳負責之會計師管理業務已移轉由財政部中區國稅局辦理，而關於福建省之會計業務，仍由福建省政府持續辦理。