離島建設條例經在民國八十九年四月五日公布施行，而條例並在今年二月六日經總統令公布，增訂第九條之一及第九條之二條文，並修正第十一條、第十四條、第十七條及第十八條條文。

經增訂有關離島建設條例第九條之一、第九條之二條文，及修正第十一條、第十四條、第十七條及第十八條條文如后：

第九條之一──本條例適用之土地於金門馬祖東沙南沙地區安全輔導條例第十四條之一適用期間申請發還土地者，因該土地為政府機關使用或已移轉於私人致無法發還土地，得自本條例修正之日起二年內，請求該公地管理機關或原處分機關以申請發時之地價補償之，其補償地價準用土地徵收條例第三十條規定辦理。前項補償條件、申請期限、應附證件及其他事項之辦法，由行政院定之。

第九條之二──本條例適用之地區於實施戰地政務終止前，曾於金馬地區申請核准荒地承墾並已依限實施開墾，倘其後因軍事原因致未能繼續耕作取得所有權者，承墾人或其繼承人自本條例修正施行之日起二年內，得向該公地管理機關申請補償其開墾費，其已取得耕作權者，按其取得耕作權之年限，以申請時之公告土地現值計算補償之。前項補償條件、申請期限、應附證件、補償金額及其他事項之辦法，由行政院定之。

第十一條──各離島駐軍或軍事單位，在不妨礙國防及離島軍事安全之原則下，應積極配合離島各項建設，並隨時檢討其軍事防務，改進各種不合時宜之軍事管制措施。為辦理前項事項，行政院應每年定期召集國防部及相關部會、當地民意代表及社會人士，舉行檢討會議，提出配合離島建設與發展之具體措施。

第十四條──離島用水、用電，比照臺灣本島平均費率收取，其營運單位因依該項費率致產生之合理虧損，由中央目的事業主管機關審核後，編列預算撥補之。但蘭嶼地區住民自用住宅之用電費用應予免收。

第十七條──第十二條至第十四條之補助辦法，由離島建設指導委員會會同各目的事業主管機關擬訂，報請行政院核定之。澎湖、金門及馬祖地區之教育文化應予保障，對該地區人才之培養，應由教育部會同相關主管機關訂定保送辦法，以扶助並促其發展。

第十八條──為促進離島發展，在臺灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航，臺灣地區人民經許可後得憑相關入出境證件，經查驗後由試辦地區進入大陸地區，或由大陸地區進入試辦地區，不受臺灣地區與大陸地區人民關係條例等法令限制；其實施辦法，由行政院定之。