大陸海蚵大舉入侵金門巿場，已是不爭事實，甚至傳出大陸海蚵由金門「中轉」到台灣本島，由於托運次數頻繁數量可觀，已引起海關人員關注，海關單位目前依據水試所蚵民名冊及掛養串數，採取合理的總數量限制，卻引發不少爭議，令海關人員大感為難。

金門以出產海蚵聞名，不過，在大陸海蚵挾超低價優勢搶攻金門巿場，行情已今不如昔，許多蚵民怨嘆：「做白工」，日子一日不如一日；甚至，傳出大陸海蚵由金門「中轉」到台灣本島，令人憂心是大陸海蚵未經檢疫，卻大剌剌橫跨兩岸三地，安全堪慮，曾有此一說：「大陸海蚵連大陸人民看了都不敢吃，金門人卻吃得津津有味。」

據了解，近來，海關人員在處理托運物品的檢查作業中，發現海蚵托運佔托運總量至少有四成左右，且成長快速，數量驚人，皆以成袋成袋及「噸位」計算，這種異常現象，引起普遍關切，為嚴防大陸海蚵冒充金門海蚵魚目混珠「中轉」到台灣本島，海關人員於檢驗作業時，均依水試所提供蚵民名冊、以及掛養串數為依據進行查驗。

據水試所統計，地區現登記有案的蚵民人數約一百廿人左右，他們賴以養蚵為生，蚵民從蚵苗放養到掛養，前後約七個月即可收成，台灣苗每串十八母殼收成上限為三公斤，平均為一點七公斤，本地收成約台灣苗的五成上下。除了人工掛養之外，野生海蚵，若配合潮水時間，平均每個人可採集六百公克。

海關人員指出，蚵民掛養海蚵串數都不同，所以在海蚵托運之數量，以其總產量之上限為主，每串若以三公斤計算，五百串一千五百公斤、一千串約三千公斤、一千二百串約三千六百公斤，以此類推，讓金門真正養蚵人家可以將自己所產蚵仔銷往台灣。

海關人員在海蚵查驗採取總數量限制，一旦發現超過掛養數量太多，依規定予以攔截下來，主要在防止大陸海蚵由金門闖關登陸台灣，也因此引起一些爭議，有的辯稱所採收是野生海蚵，而衍生出「大陸海蚵」、「金門海蚵」認定問題，以此要求海關人員放行，海關人員表示，事實上，只要能提出舉證，仍會從寬放行。