為因應小三通，衛生署疾病管制局擴大實施「Ａ型肝炎疫苗接種計畫」，將金馬地區二至十二歲幼童納入該項計畫接種範圍內，金門縣衛生局已先後完成國小一年級至五年級學童集體接種，並呼籲家有二至六歲幼童家長，儘快攜帶子女至各衛生所及縣立醫院接受免費Ａ肝疫苗接種，以杜絕Ａ型肝炎之威脅。

縣衛生局指出，疾病管制局發布大陸地區為Ａ肝流行區，小三通後兩岸人員往來頻繁，沒有抗體的幼童們遭受到感染的機率相對增加，此外，由於離島地區醫療資源相對較為欠缺，未來如果引爆大流行，一時恐將難以支應，因而擬定全面接種疫苗計劃，將現有僅提供給山地鄉學童的Ａ肝疫苗接種計畫，擴大至金馬地區。

縣衛生局表示，Ａ型肝炎是經由糞口傳染，亦即當吃到或喝到被Ａ型肝炎病毒污染的食物或飲水時，會感染到Ａ型肝炎，一般感染到Ａ型肝炎可能會出現發燒、全身倦怠不適、食慾不振、嘔吐及腹部不舒服，數天之後發生黃疸，許多感染並不出現臨床症狀，或者症狀輕微且沒有黃疸，僅能靠肝功能等生化學或血清檢驗測出。

兒童時期感染尤其多不出現臨床症狀或症狀輕微。提醒民眾應注意飲食、飲水及個人衛生，如飲食、飲水一下要先煮熟煮沸，切勿生飲生食，另外，保持良好個人衛生習慣，經常正確洗手及注意環境衛生，以杜絕Ａ型肝炎之威脅。

縣衛生局表示，地區幼童接種資格及注意事項(一)接種年齡須滿二至十二歲幼童(二)二至六歲由家屬帶轄區合約醫療院所接種，七至十二歲(國小一年級至五年級)由衛生局至各級學校集體接種(三)接種者須攜帶預防接種黃卡或是預防接種手冊，以便接種後紀錄。

至於，各合約院所接種時間為金門縣立醫院(諮詢電話：333944)、金城衛生所(諮詢電話：325059)及金寧衛生所(諮詢電話：325735)每週二、四下午，金沙衛生所(諮詢電話：352854)為每週三下午，烈嶼衛生所(諮詢電話：362078)為每週三下午。