金門縣環保局為對本縣海域環境品質把關，依擬定的海域環境品質調查監測計畫，本年度並爭取環保署補助新台幣九十萬元，持續針對地區附近海域設置採樣點進行監測，以有效維護地區海域的環境。

環保局九十一年度「金門縣海域環境品質調查監測計畫」係以租用民船或以金廈渡輪方式，分別對料羅港、水頭商港等外海區域及金門附近海域、九龍江至金門海域設置十個採樣點，並進行採樣及水質分析的工作，各監測站至少採樣二次，採集海平面下深二公尺之海水為樣本。

至於監測項目，則包括溫度、溶氧(DO)、鹽度、氫離子濃度指數(PH值)、生化需氧量(BOD)、油脂、亞硝酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽、氨氮、大腸桿菌群、重金屬(鉛、銅、鎘、鋅、汞、鉻)等十七項。