金門縣環保局策辦九十一年度本縣地下水污染防調查工作計畫，爭取環保署補助新台幣九十二萬元經費，針對地區口蹄疫病死牛掩埋場地下水之下游區域，及已封閉或使用中之垃圾掩埋場，自來水未普及與臨海可能鹽化區域採集地下水並或由學術或顧問單位進行地下水之監測，以有效掌握地下水可能之污染情形，採取及時有效的改善措施，確保民眾的健康。

依據環保局九十一年度「金門縣地下水污染防治調查工作計畫」，係針對口蹄疫病死牛掩埋場新瑤記牧場及邵色福牧場兩場地下水之下游區域(每一場址原則擇定鄰近現有水井一口，共計二口)、已封閉之廢棄及臨時垃圾掩埋場(四埔林場一處)、使用中垃圾掩埋場(賈村、大洋村、新塘等三處垃圾掩埋場)、自來水未普及區域及臨海可能有鹽化區域(烈嶼鄉西口村五十七號、上林村二十│一號及金湖鎮新市里公所前等三口地下水井)等共計九處採集地下水委託學術單位或顧問公司進行監測。至於檢測項目計有總有機碳(ＴＯＣ)、ＰＨ值、大腸桿菌群密度、溫度、電導度、硬度、氯鹽、氨氮、亞硝酸氮、硝酸氮、硫酸鹽、重金屬(鉛、銅、鎘、鋅、汞、鉻、砷、鎳)等十九項，以每三個月檢測一次為原則共計檢測二次，並視實際需要增減。

─策辦「九十一年度金門縣土壤及水污染防治改善工作計畫」，除有效掌握污染源排放狀況，並辦理公私有事業、餐飲業、旅館業、部隊及家戶之生活廢污水排放清查管理，俾作爾後管理之參採。

─辦理公私有事業廢污水排放管制，每月定期巡稽查金酒公司(金城廠、金寧廠)等列管事業排放廢(污)水情形，分別採集金酒公司(金城廠、金寧廠)等六家，檢測ＰＨ值、生化需氧量、化學需氧量、懸浮固體及溫度等五項，其中金酒公司金城廠及金門縣肉品市場等二家常有生化需氧量、化學需氧量、懸浮固體等三項未能符合九十年新修正公告之放流水標準，均即時發函要求業者迅速改善，另定期巡查養豬業者，要求作好廢(污)水處理，及輔導申辦排放許可證並改善缺失，以落實排放管理。

環保局指出，各項監測結果除按時提報外，並陸續完成資料建置工作，未來也將規劃設置本縣相關監測井網，以充分掌握本縣地下水的現況。此外，本縣環保局在年度內也針對地區的飲用水水質檢驗及水污染防治採取多項作法，包括：

─為瞭解本縣各自來水供水系統及家戶飲用地下水水質現況，策辦「九十一年金門縣飲用水水質較難檢測項目抽驗計畫」選定金城、莒光等十四處，分別檢測大腸桿菌群、總菌落數等三十八項，以維縣民飲用水安全。

─為提升地區民眾飲用水水質安全，策辦「飲用水水質檢驗項目(能力)提昇計畫」，加強飲用水水質檢測項目，由目前檢測ＰＨ值、自由有效餘氯、濁度、大腸桿菌群、總生菌數等五項，擬增加色度、硬度、氯鹽、總溶解固體、氨氮、亞硝酸氮、硝酸氮、硫酸鹽等八項檢測，合計十三項，在現有檢驗能力以不增加人員原則下來辦理。

─加強巡稽查飲用水水源水質保護區工作，每月定期赴太湖、榮湖等九處辦理污染源之管制，對於有污染之虞者，均立即要求改善，避免發生污染水源事件。

─為確保包裝或盛裝飲用水水源水質安全，每月定期赴仙霖、天第等九家業者採水檢測，計有ＰＨ值、大腸菌群及總菌落數等三項，除常有ＰＨ值未符合飲用水水質標準外，餘二項均合於標準。

─為加強為民服務，協助縣民飲用水水質(自來水、地下水、盛裝水等)辦理色度、硬度、氯鹽、總溶解固體、氨氮、亞硝酸氮、硝酸氮、硫酸鹽等八項檢測，對不符合飲用水標準者建議改善，對於烈嶼地區民眾大部份飲用地下水(井水、深水井)，已著手逐井進行採水檢測，並建立背景資料庫，以維護鄉民飲用水安全。