行政院農委會公告之植物或植物產品運出金馬地區檢查辦法共十一條，條文內容如下：

第一條─本辦法依植物防疫檢疫法第十一條第二項規定訂定之。

第二條─植物或植物產品由金門、馬祖地區以運送、攜帶、托運或郵寄等方式運出至其他臺灣地區應經檢查合格。前項應施檢查植物或植物產品，由中央主管機關公告之。

第三條─由金門、馬祖地區運出至其他臺灣地區之植物或植物產品，所有人或其代理人應於運出前，填具申請書，並檢附來源地供貨證明書或旅客出具之聲明書，向植物防疫檢疫機關申請檢查；其來源地供貨證明書之核發，由當地縣(市)主管機關或其委託之法人辦理。前項來源地供貨證明書之核發，當地縣(市)主管機關得依申請人之具結辦理。相關核發須知由中央主管機關定之。第一項旅客攜帶之植物或植物產品如經檢查人員認定屬金門、馬祖地區當地所產者，且在規定數量以內，得經檢查人員登錄旅客姓名、身分證字號、植物或植物產品種類、數量等資料後放行，免附申請書、聲明書或來源地供貨證明書。前項植物或植物產品種類、數量由植物防疫檢疫機關公告之。

第四條─申請運出應施檢查之植物或植物產品，未繳驗來源地供貨證明書者，植物防疫檢疫機關應責令其補繳；未補繳者，通知領回或銷燬。

第五條─植物防疫檢疫機關依第三條規定之檢查，經檢查不合格者，得發給不合格通知書。

第六條─本辦法之檢查，得由植物防疫檢疫機關指定場所實施。

第七條─運出之植物或植物產品，經檢查罹患或疑患有害生物，植物防疫檢疫機關應通知所有人或其代理人，限期將該植物或植物產品連同其包裝、容器予以消毒、銷燬或領回。逾期未辦理或有緊急處置必要時，由植物防疫檢疫機關逕予處置；其費用由所有人負擔。

第八條─本辦法之檢查、消毒、銷燬或其他必要之處置，必要時，植物防疫檢疫機關得委託當地縣(市)主管機關或其他法人辦理。

第九條─本辦法所定書表、證明文件等格式，由植物防疫檢疫機關定之。

第十條─本辦法之植物或植物產品檢查，免收取檢查費及工本費。

第十一條─本辦法自發布日施行。