全民健康保險門診部份負擔新制，將自九月一日起上路，這項新制實施對地區赴台就醫的病患較有影響，不過，重大傷病、慢性病連續處方箋、低收入戶、勞保職業傷病患者、三歲以下兒童等保險對象，均不適用此次調整部分負擔之規定；此外，在金門地區醫院就醫仍維持免除自負門診部份負擔。

這項門診部份負擔新制，區域醫院由現行100元提高至140元，醫學中心由現行150元提高至210元，且其檢驗、檢查按其費用20%收取，上限300元(藥品、復健、中醫傷科治療、高利用者部分負擔維持現制)，而基層診所、地區醫院不論是基本部分負擔或檢驗、檢查則一律維持現制。

衛生署為考量部分負擔可能影響醫療或經濟上弱勢民眾的就醫權益，另訂有免除部分負擔措施，包括：重大傷病、分娩、預防保健服務、在山地離島地區門診者、慢性病連續處方箋、低收入戶、榮民、職業傷病患者、結核病患、三歲以下兒童等等。

部分負擔是健保制度中，用來抑制過度醫療花費的必要措施，此次部分負擔的調整，是加強病患使用者付費的概念，以避免不必要的醫療花費，對節制醫療利用仍有相當程度之助益，同時間接促進分級醫療制度的落實。　

新制實施後，金門地區民眾若至台省基層診所或地區醫院就醫，與直接至區域醫院或醫學中心相較，可節省九十元乃至一百六十元，所以，民眾若只是一般疾病最好先於基層診所或地區醫院接受診察，如有病情需要，才由醫師轉診到區域醫院或醫學中心，以節省自負門診負擔的花費。　　

這次部分負擔調整主要影響醫學中心及區域醫院就醫的民眾，約5500萬人次(占全部門診就醫人次之17.9％)，而影響檢驗、檢查部分約為2100萬人次(占全部門診就醫人次之7％)，另醫學中心及區域醫院就醫作檢驗、檢查民眾各占至醫學中心及區域醫院就醫民眾之36％及37％。