金馬地區戰地政務終止後，社會日趨開放，加以小三通之實施，金馬政經情勢之發展愈趨複雜，福建金門地方法院檢察署預期檢察業務質與量均會隨之加重，除將貫徹政府掃除黑金政策，檢肅貪瀆，澄清吏治，也將著手防制走私，加強檢肅毒品，重視犯罪嫌疑人及被害人權益，執行提昇檢察機關公信力暨建立親民形象，並加強兒童及少年性交易防制工作與鄉鎮調解業務，及執行選舉查察職務等努力。

福建金門地方法院檢察署在一項就偵查案件收結及罪名分析統計，可以了解各類犯罪案件的比率及犯罪類型成長與消褪的原因。

在八十八年度金門地檢署受理案件總計為七百二十四件，其中新收案件六百六十九件、舊收案件五十五件。其中，起訴案件三百四十件、不起訴案件二百九十二件，他結四十六件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百二十件、賭博二十一件、走私四十二件、竊盜四十五件、偽造文書二十三件、妨害公務十六件、公共危險五十八件、恐嚇八件、違反毒品危害防制條例七十五件、妨害風化六件、貪瀆八件、國安法二十六件、違反漁業法一件、兩岸條例八件、其他二百一十二件。

在八十九年度金門地檢署受理案件總計為六百七十六件，其中新收案件五百七十件，舊收四十六件。其中，起訴三百零九件、不起訴案件二百三十九件，他結二十八件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害九十八件、賭博十件、走私二十四件、竊盜五十五件、偽造文書二十三件、妨害公務十八件、公共危險九十一件、恐嚇十五件、違反毒品危害防制條例八十四件、妨害風化八件、貪瀆五件、國安法八件、違反漁業法十三件、兩岸條例二十四件、其他一百五十四件。

在九十年度金門地檢署受理案件總計為八百一十九件，其中新收案件七百一十九件，舊收案件一百件。其中，起訴三百八十七件、不起訴二百九十九件，他結五十件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百一十五件、賭博十五件、走私四十七件、竊盜五十九件、偽造文書三十五件、妨害公務十四件、公共危險七十八件、恐嚇九件、違反毒品危害防制條例七十八件、妨害風化十件、貪瀆九件、國安法十件、違反漁業法八件、兩岸條例二十二件、其他二百一十件。

在九十一年度一至十一月份金門地檢署受理案件總計為七百七十一件，其中新收案件六百八十八件，舊收案件八十三件。其中，起訴四百三十八件、不起訴二百一十一件，他結五十四件。而新收案件在罪名分析上，其中，傷害一百二十件、賭博五件、走私三十七件、竊盜五十一件、偽造文書五十六件、妨害公務十九件、公共危險七十件、恐嚇十一件、違反毒品危害防制條例二十六件、妨害風化十件、貪瀆十三件、國安法二十七件、違反漁業法八件、兩岸條例三十三件、其他二百零二件。