在環保業務方面，為因應地區垃圾處理所需，縣府已爭取到環保署補助經費，將自今(九十二)年度起進行區域衛生掩埋場的興建工作，預定九十四年完工啟用。其他包括垃圾減量、灘岸清潔維護、環境整頓亦有相當成效。

為因應日後金門地區衛生掩埋場飽和危機，妥善規劃未來十至十五年之垃圾處理方案，縣環保局在縣長李炷烽的指示與監督下，積極爭取到環保署補助經費四百八十萬元，推動「金門縣區域性一般廢棄物衛生掩埋場興建計畫」，目前已初步完成先期規劃、地質鑽探等作業，正辦理環境影響評估作業。後續之興建工程則納入金門縣四年綜合發展計畫辦理，預定於九十二年發包動工，並於九十四完工啟用。

為達垃圾減量及資源永續利用之發展目標，縣府於九十一年一月八日訂頒「金門縣一般廢棄物分類回收及清除辦法」並積極推動外，另於九十一年七月試辦「廚餘回收再利用清運計畫」，有效利用廚餘製作有機堆肥。自九十一年一月起實施截至十月底止，全縣資源回收量由九十年同期的一千二百八十九公噸提升至一千九百零四公噸，垃圾量也由一萬八千九百一十七公噸降低至一萬六千四百零九公噸，資源回收率則由九十年同期百分之六點三七八提升至百分之十點三九八，資源回收成長率達六十三％，已初步達成資源回收、垃圾減量之成效。

為維護地區海岸整潔，提升觀光品質，縣環保局積極推動「加強執行海岸地區環境清潔維護工作計畫」，發動各機關、學校、駐軍、社區、志工等，辦理擴大淨灘宣導活動十場次，並自九十一年七月起計僱用以日計資臨時工三十人分配各鄉鎮公所執行海岸清潔維護工作，迄十月底計維護全縣開放海岸四十三公里，清理垃圾六十餘公噸，另採購告示牌二十三座，資源回收箱及垃圾桶二十三套，加強垃圾清運，執行成效良好。

為維護縣容整潔，加強整頓髒亂環境，清除登革熱病媒蚊孳生源，縣環保局積極推動「加強推動村里社區居民共同清潔維護居家環境計畫」、「環境清潔週清除登革熱孳生源行動計畫」及「登革熱病媒蚊孳生源清除及宣導計畫」，印製宣導單張發送各家戶、張貼宣導布條，宣導民眾勤於維護居家環境整潔；另動員清潔隊、環保志工、民眾、駐軍等人力計一萬六千四百零九人次，投入環境清潔工作，計清除垃圾量六百七十七公噸、積水容器九千二百六十九個、空地及公共場所之髒亂點一千零八十七處，有效維護縣民健康，並提昇環境品質。

為有效掌握地區空氣品質現況，縣府主動向環保署爭取空氣品質監測站之設置，並於九十一年二月開始進行，監測結果金門地區空氣品質ＰＳＩ值介於十七至九十三間，屬於良好到普通(標準值零至五十為良好，五十至一百為普通)。

為確保地區民眾飲用水水質安全，提昇公眾飲用水水質檢測工作，自九十一年七月起縣環保局策辦執行「飲用水水質檢驗項目(能力)提昇計畫」，每月檢測項目由檢測ＰＨ值、自由有效餘氯、濁度、大腸桿菌群、總生菌數等五項，新增加檢測色度、硬度、氯鹽、總溶解固體、氨氮、亞硝酸氮、硝酸氮、硫酸鹽等八項，共計十三項，在既有的檢驗基礎上不斷的精進及建立提昇檢驗能力、品質及公信力。