小三通實施迄今已屆滿兩年，回顧過去一年的實績，已較試辦首年稍有進展，不但創下進出口報關收單總數的新高紀錄，貨物出口部分全年累計更呈現「出超」情形，出超總額約在七百萬元左右。人員方面則由於大陸觀光客迄今未能開放來金參訪，仍呈現去多來少的單向傾斜情形。

小三通試辦迄今已進入第三年，根據財政部關稅總局高雄關稅局金門辦事處的統計，九十一年兩岸商貿往來已較九十年的試辦首年有了長足進步。在進口方面，回顧試辦的頭一年僅有四十五件，九十一年全年累計收單總數則達一百五十件，全年進口總額按完稅價格計算，累計達四千四百二十五萬零七十元，其中九十一年十二月份即有三百五十一萬六千四百八十三元。進口貨物則以花崗岩製品、河砂、塊石、熟石灰等大宗建材為主，其中並首次出現陶瓷酒瓶及生鮮蔬果的進口。

在出口方面，小三通試辦的頭一年，倘若扣除兩件晉江商展退運商品，實際出口貨物僅有一宗，九十一年全年的出口收單件數則成長至八十七件，按離岸價格計算，九十二年全年的出口總額已累積達五千一百六十五萬九千二百八十四元，出口貨物以金門酒廠出產的金門高粱酒為最大宗，不僅數量最多，所創造的出口額也最高，其次則是地區特產的貢糖。進出口沖抵之後，九十一年全年的兩岸商貿呈現了「出超」情形，出超總額達七百四十萬九千二百一十四元。

在人員進出方面，根據高雄關稅局金門辦事處的統計，九十一年十二月旅客入境有三千六百五十五人次，出境有三千三百九十五人次，累計九十一年全年入境旅客共有二萬四千七百四十九人次，出境旅客二萬六千九百二十三人次，亦較試辦首年為多。但由於大陸方面目前尚未開放觀光客來金參訪，必須以各項交流名義才能組團進入金門，且仍須逐案送審，使得兩岸人員往來仍以我方進入中國大陸者居多，大陸人士來金者少，呈現單向傾斜情形。